财政专项资金绩效审计属于国家审计的范畴，其最终目标是通过对资金筹集、管理和使用过程中重点审计事项的审查、鉴证，分类评价财政专项资金的“真实性、合规性”和“经济性、效率性、效果性、可持续性”。

第一，“真实性、合规性”审计目标既是指被审计单位的财政专项资金投入要符合国家经济发展的客观需要，符合经济发展规律，又是指项目的建设要符合国家各项法律和制度规定。现阶段主要着眼于财政专项资金投入的合理、合法性等方面。

第二，“经济性”审计目标是指财政专项投入的节约性，即以最少的资源投入换取一定数量和质量的产出。现阶段主要着眼于资源投入的真实性、充分性、节约性、时效性等方面。(www.daowen.com)

第三，“效率性”审计目标是指财政专项资金投入与产出的比例关系，即在一定量产出的条件下，追求投入的最小化，或在既定投入下追求产出的最大化。现阶段主要关注项目建设的价值、成本收益等方面。

第四，“效果性”审计目标是指财政专项投入的产出结果，即一定资源投入所产生的一系列经济和社会效应，既包括正面效应也包括负面效应。现阶段主要关注产出的效益性、公平性。第五，“可持续性”审计目标是指财政专项投入的连续性和产出结果的长效性。现阶段主要关注经济发展的资源集约性和生态保护性。