（一）审计目标不明确

国家经济发展影响着绩效审计业务的开展，一般审计目标是依据国家经济发展的需求而设立的。从传统的财政专项资金审计中重视资金收支的真实性、财务管理的规范性、项目资金使用的合法合规性，来确定审计重点和内容。在我国，各项财政制度还不够完善，政府运用公共资源的能力和目标还不够明确，基于这些特点，绩效审计目标很难确定。

（二）绩效审计的开展范围窄

政府专项资金类别多、涉及范围广，根据资金的投入方向不同可将专项资金分为经济建设类、管理服务类、政策补助类，具体包括基础设施建设专项资金、教育专项资金、医疗卫生专项资金、扶贫专项资金、环境污染防治专项资金、灾后重建专项资金以及各种社会保障类专项资金，涉及经济、科技、医疗卫生、社会保障等领域。绩效审计目前主要集中在涉及社会公众利益大，特别是涉及社会弱势群体利益，发挥政府在保护弱势群体利益和救助兜底功能的项目上，大多是针对这些项目开展专项资金绩效审计。当然对这些项目实施绩效审计是非常有必要，但绩效审计仅仅涉及这些项目是远远不够的，其他类别的专项资金也都有开展绩效审计的必要。

（三）绩效评价标准并不完善

从目前财政专项资金绩效审计的实践情况来看，全国范围还没有统一全面的绩效评价标准。虽然财政部已经对绩效评价标准制定了一系列的管理办法，但是由于内容复杂、过程模糊、评价标准以及结果等不够详细，致使绩效评价机制并不能顺利实施。而对于部分已经实施的绩效评价标准，由于评价内容的不全面，专项资金的经济效益常被视为评价体系的主要标准，而很少去关注社会效应、生态环境效益以及专项资金的管理效益。久而久之，就会出现社会专项资金的不公平性。基于此特点，在进行绩效评价的过程中，需要审计人员拥有丰富的设计经验、敏锐的观察力、能够对财政项目进行详细了解，将相关法律与内部绩效标准相结合，在有关各方的共同磋商后，制定出科学合理的评价标准，以利于建立起一套符合实际的专项财政资金评价体系。(www.daowen.com)

（四）缺乏有效的指标体系

有些地方审计部门已经初步尝试建立了一些关于绩效审计的指标体系和评价方法，但是这些指标主要侧重于资金使用的合规性，而对资金的使用与管理绩效不管是定量评价还是定性评价都不足。对于各部门的评价指标设置比较单一，目前十分缺乏一套经过严密数据分析后产生的科学有效的评价指标体系，来满足来自不同层面和不同行业的需求。由于我国还未建立起绩效审计数据库，未进行财政专项资金的绩效数据分类积累，造成目前的绩效评价指标体系不能对实践的进行有效指导，还需要经过实践来慢慢完善。

（五）绩效审计结果不能得到充分运用

当前，我国大部分审计机关仍然是采用传统的绩效审计流程，在依据程序出具审计报告或决定后宣布审计结束。事实上，这仅仅是审计工作的一部分，审计应该具有完整性和规范化，审计结果的开发和利用是实现审计目标的关键，审计后的应用和后续跟踪也是审计过程中的重要工作。从以前年度审计整改反馈情况看，被审单位与项目实施单位对绩效审计评价所提的意见建议也只停留在反映情况、找出问题的层面上，并未真正整改到位，或从管理、制度、体制上解决问题，而缺乏问责制度就会导致年年可能查出老问题。除此之外，审计制度的不完善仍是阻碍绩效审计的主要原因，例如：审计结果公告制度以及审计整改制度等都需要进行完善。完善的审计制度是实施绩效审计的关键。