在清产核资基础上，有条件的地区还要积极推进农村集体经营性资产股份合作制改革。2016年12月印发的《中共中央、国务院关于稳步推进农村集体产权制度改革的意见》（以下简称《意见》）提出，各地可根据群众意愿和要求，由县级以上地方政府作出安排，先进行试点，再由点及面展开，力争用五年左右时间基本完成改革。具体操作上，应主要做好三个方面：

第一，合理确定集体经济组织成员边界，明确农村集体经济组织成员认定资格与退出条件。改革中，要注意规范成员资格认定和取消、登记、变更等程序，把财产权利落实到每个集体成员、每个农户。特别是《意见》提出，提倡农村集体经济组织成员家庭今后的新增人口，通过分享家庭内拥有的集体资产权益的办法，按章程获得集体资产份额和集体成员身份。在界定成员资格的过程中，还应进一步规范村规民约，确保其不与法律法规及中央政策相冲突，维护外嫁女、入赘男、婚生子女等群体在享受集体经济权益等方面的合法权利。

第二，全面落实农民对集体资产股份占有、收益、有偿退出及抵押、担保、继承权，探索建立“有进有出”的动态集体经济组织成员管理体系。集体经营性资产股份合作化改革过程中，股权设置应以个人股为主，是否设置集体股，要尊重农民群众的选择，由集体经济组织通过公开程序自主决定。但当一些农村完成“村转居”，集体经济组织的社会性负担逐步剥离后，集体经营性资产即将与外界发生交易行为时，应当逐步对集体股进行二次量化，以达到产权的彻底清晰，不设集体股并不是“分光吃尽”。现阶段，还应重视股权变更、民主决策和流转交易等问题，探索农民对集体资产股份有偿退出的条件和程序，研究制定集体资产股份继承、抵押、担保贷款办法，研究高管持股、增资扩股和引入社会力量办社的方式方法，以股权管理为抓手，提升乡村治理体系和治理能力现代化水平。(www.daowen.com)

第三，创新集体资产运行管理机制，理顺集体经济组织与其他村级组织的职责关系。应重点推进集体所有制企业负责人去行政化改革，尤其是解决干部之间交叉任职的问题，增加市场选聘比例。应尽快研究出台专门文件，加快分配制度改革，完善激励机制，确保股份制管理人员收入与选任方式、经济效益相匹配，探索采取期股期权、岗位分红、激励基金等中长期激励方式，并健全与分配制度相配套的约束机制，研究村委会、党支部与集体经济组织的功能定位，妥善处理各类村级组织之间的相关关系。