计算机模拟的起点，是完成存量—流量图，并以公式确定出每一个相互影响关系。学生可以操纵模型中的变量，以快速了解系统中的因素如何相互影响。建立模型可以简单到改变某一个变量，并在输出图中观察其变化的影响。但是，计算机模型本身也可以是相当复杂的程序，其中包括在学生运行程序时的“弹出”窗口——提出问题或者要求提供信息。

应用现有的各种计算机模拟程序，了解一个具体系统的动态关系，相当有用。计算机模拟程序让学生们能改变其中的变量，尝试不同的可能情境，对比不同的结果，进而对系统整体形成了更深入的理解，这需要进行大量的课堂讨论。在“每一轮”模拟之前，都应要求学生做出预测——随着他们不断地改变数字，图表结果会如何变化。否则，他们就只是在玩计算机游戏。用图表形式对比实际结果与他们的预测结果，可以引出系统的运行结果为什么与他们的预测不同的问题，以及其他更深入的问题。

并非所有的教师都会将建立模型作为课程要求。了解和熟悉软件，需要时间，况且对一些学区来说，计算机资源也有限。然而，对于那些把建立模型作为课程要求的教师来说，当他们看到孩子们的成果，并从中获得兴奋和满足时，就足以补偿他们学习建立模型时的投入了。

使用软件提出了一个新的有时候无法预测的困难：软件调试。黛安娜·费希尔（Diana Fisher）是一位作家，也是一位在数学课上应用系统思考的先行教育家。有一次，她曾经花了一周半的时间，和一个学生一起试图找出这个学生的计算机模型无法工作的原因。最终他们发现，这个学生在模型中使用的量纲不一致——在一部分中用的是“米”，而在另一部分中用的是“千米”。这是一次宝贵的经验——正像她对同学们解释时所说的，这样的问题出现在哈勃空间望远镜和其他成本高昂的项目之中，曾被新闻媒体报道过多次。(www.daowen.com)

马萨诸塞州哈佛镇（Harvard）的布罗姆菲尔德高中（Bromfield High School）的一个小组的学生，基本上没有STELLA（一个计算机程序）编程的经验，但想要就他们所在的社区做一个模型。校长建议他们看一看学校年度预算的编制流程。与这个小组一起工作的科学课教师拉里·韦瑟斯（Larry Weathers）发现了一个有关“信任与控制”的通用计算机模型，学生可以对其进行修改，并建立自己的模型。学生们运行并了解了这个程序之后决定，他们需要倾听参与预算过程的所有各方的想法。他们就预算过程中的种种障碍，访谈了学校管理人员和学区委员会的成员。这些学生发现，要想有一个成功的预算制定，过于信任与不信任同样有害。过于信任可能会引发相互勾结，从而又带来不信任；而不信任则标志着无法共同工作，也难以达成妥协。在信任与严格监督之间保持平衡，才会让各方达成共识。

开发这个模型之后，学生小组给他们访谈过的那些人做了演示，并且解释了这个模型是如何运行的。对于这个模型的合理性，那些成年人表示赞同，并对孩子表达了感谢。这一年，学校预算的制定和通过几乎毫不费力，虽然没有人说这要归功于这个模型，但是这些学生还是认为，他们为那些成年人提供了反思预算制定过程的机会，应该对此有所帮助。