一是软件企业税收负担仍然偏重。主要有以下三方面原因：（1）“营改增”后，占软件企业成本大头的人员工资无法进行进项税抵扣，导致部分企业税负加重。2016年、2017年软件产业业务收入增速分别为14.9%和13.9%，而税收增速为37%、36%。（2）软件企业和软件产品认定制度已于2015年作为非行政许可审批事项被取消，改为企业自主申报、监管部门事后核查。但“双软认定”是一项专业化和技术性较强的工作，企业申报和税务部门核查难度较大，影响了惠税政策实施效果。（3）软件企业所得税“两免三减半”优惠政策2017年12月31日已经到期，但延续政策尚未出台。企业还反映，目前软件服务增值税率为6%，软件产品增值税率实际为3%（软件产品增值税率为16%，按照优惠政策超过3%的部分即征即退），然而软件产业向服务化方向发展，产品和服务边界较难区分，税率不同增加了涉税风险。

二是软件价值严重失衡。目前，我国“重硬轻软”“软件是硬件附属品”的观念认识没有根本扭转。软件作为无形资产，缺乏成本估算、造价标准和定价机制，预算审批、项目管理、运维费用等基本无据可依，软件市场价值得不到充分体现。企业反映，招标预算人员工资定价标准与实际支出差距较大，0元中标、1元中标现象屡见不鲜，损害市场竞争秩序，阻碍软件企业发展壮大。全球百强软件企业我国仅东软集团1家上榜。(www.daowen.com)