（1）投入存货的涉税处理。部分股东以货物（不含固定资产）进行出资时，为了尽早完成《公司法》规定的验资义务，在被投资企业被税务机关认定为一般纳税人以前，向被投资企业移交货物并开具专用发票，但被投资企业无法抵扣增值税进行税额，未来销售货物转让时，还必须按照货物的适用税率计算销项税额，税负较重，建议对于投入存货应当在被投资企业认定为一般纳税人的次月再进行移交和开具发票。

（2）投入固定资产的增值税处理。对于股东投入的固定资产（不含房屋建筑物）如果同时符合以下三个条件，被投资企业是可以申报抵扣增值税进项税额的：

①被投资企业已经被认定为一般纳税人。

②股东投入的固定资产属于可以抵扣的范围。

③股东向被投资企业开具了增值税专用发票。

（3）固定资产的所得税处理。(www.daowen.com)

①对于股东投入的已经使用过的固定资产，小企业在确认折旧年限时，可以适当低于税法规定的最低折旧年限，但不得低于最低折旧年限减去股东已使用年限后的剩余年限，并且不得低于2年。

②股东投入固定资产发生评估增值的，股东应就增值部分确认为当期所得缴纳企业所得税，小企业按照评估值确认入账资产，并在未来年度计提折旧或摊销税前扣除。

（4）股东投入的知识产权和不动产的税务处理。以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。

对于股东投入的知识产权，如果存在法律规定的使用年限的，按照剩余年限计算摊销；不存在法律规定的使用年限的，按照不低于10年摊销。

对于股东投入的土地使用权，应当按照土地使用证载明的剩余年限摊销，与被投资企业的公司章程约定的企业经营期限无关。对于股东投入的房屋，一般情况下按照不低于20年计算折旧。但如果对应的土地使用权剩余年限低于20年的，可以按照土地使用证载明剩余年限计算折旧。