无论是从国外农业生态补偿的经验来看，还是从目前我国农业生态存在的问题来看，为保障农业生态补偿活动的高效有序进行，都必须先将其纳入法制化轨道。国家应尽快制定农业生态补偿的法律法规，以法定形式明确农业生态补偿的补偿主体、补偿对象、补偿标准、补偿方式及补偿途径，从目前我国的实际出发，农业生态补偿立法工作可以在逐步建立中央和地方两级法律保障体系的基础上再进一步完善。其中，在中央层面，主要是对农业生态资源开发与管理、农业生态保护与农业生态系统服务功能改善、补偿资金投入与补偿的方针和政策等全局性问题进行立法，以明确农业生态补偿资金征收、使用与管理，确定生态补偿标准、补偿方式和补偿对象，界定农业生态资源开发利用过程中不同利益主体之间的利益分配关系，这是建立和完善农业生态补偿机制的根本保证；在地方层面，地方政府可以根据中央制定的法律法规结合当地的实际情况出台相应的地方性法规政策及实施细则。

目前我国生态资源所有权属于国家和集体，经营权属于单位和个人，所有者可依法向经营者索取收益，经营者需依法向所有者缴纳税收或租金，以及对生态环境资源进行保护、恢复或赔偿。明晰的产权制度既是保证人们有效利用农业生态资源以及对农业生态资源进行必要投资与管理的基本条件，也是充分发挥农业生态补偿机制作用的必要条件。但在过去较长一段时期内，农业生态资源所有权的虚化导致了农业生态资源产权的模糊，加之人们没有意识到生态资源也是有价值的，从而造成对农业生态资源的无偿、不合理甚至是掠夺式使用，严重破坏了农业生态资源的自我恢复能力。因此，农业生态补偿必须切实解决农业生态资源产权模糊不清的问题，只有明晰农业生态资源产权，才能使理论上对补偿主体和补偿对象的界定成为可能，才能有效保护农业生态资源。(www.daowen.com)