产权保障制度是农业生态资本投资的前提和关键。农业生态环境与自然资源的市场价格以及相应的价格、财政、投资和消费等政策的实施效果皆取决于其产权价格。农业生态资本投资产权保障制度包括产权界定、交易权安排、产权交易制度三个层次。针对其中存在的问题，从激励的角度，建议采取以下路径及对策。

第一，实现农业生态环境与资源使用权与经营权的市场化。推进农业生态资本投资要求必须具有稳定的产权。首先明确农业生态环境和资源的产权主体，再界定其使用权和经营权，最终实现部分所有权的市场化。对于市场化的措施，应按照资源和环境的特征，技术性分离使用权与经营权，明确各自的权利职责，鼓励引进民企和外企，使非国有性质企业逐步成为农业生态环境和资源经营领域中的主体，减少国企的占有比重，促进形成多种所有制结构构成的多元化农业生态环境和资源的经营体制。具体措施如下：使不可再生资源（淡水、大气等）、具有农业生态保护作用的可再生资源（生态林、草原）等公共性、公益性和外部性强的资源的使用权和经营权合一，由公共事业部门统一经营管理，或者由具有严格监管制度的企业经营；分离公共性和外部性较弱、排他性和竞争性较强的农业生态资源（荒地、经济林、生产用水）的使用权与经营权，将经营权进行市场化交易，激发涉农企业发展农业循环经济的积极性。当然，在这一过程中，首先应由国家出台相关的法规政策，保障经营权与使用权相关交易的合法性，保证市场稳定。

第二，部分环境和资源的产权私有化，形成公私并轨运营的混合产权。引入健全的市场机制，完善农业生态资源资本化产权市场，需要根据农业生态资源多样化的特征建立多种所有权体系。具体的建议措施是：产权界限明晰的农业生态资源（矿山、草原），在权衡公共利益、所有者和使用者的利益之后，根据其公益性、公共性及外部性的强弱，将其所有权以行政分配或拍卖方式出售给不同产权主体；而产权界限不明晰且公共性强的农业生态资源（海域、大气），为提高其资源利用效率，应继续维持公共所有权主体，政府机构作为所有者，进行统一管理。(www.daowen.com)

第三，完善环境纳污资源所有权交易制度。自然环境的纳污容量与净化能力是有限的，在环境纳污资源产权安排上，需要考虑自然环境的容量大小和其净化能力两个方面，有必要建立可回收的环境纳污资源产权制度。首先，企业购买或以其他方式获得的排污权可以归企业所有，在规定期限内自行分配排污权，多余部分可出售给其他企业，以此鼓励企业降低排污，将社会排污控制在自然环境总容量和净化能力范围内。其次，还可以实行间接纳污资源产权制度，鼓励企业投资建设排污工程和设施，以间接方式获取环境纳污产权，将降低排污发展成企业的一项业务。如果交易市场中有多个排污企业能够实现自由交易，当排污权市场供需达到平衡点时，个体企业的治污成本将会降至最低点，最终使社会总治理成本最小。同时，环境纳污资源产权交易还能够提高市场交易长期收益预期，降低市场交易不确定性，有效地提高交易双方绩效和剩余。因此，部分排污产权私有化，促进形成产权多元化的纳污资源产权结构，是完善我国排污产权市场的必要措施。