农业生态系统是基于实践活动而形成的人工生态经济系统，该系统存在于自然系统之中，其生态价值的确立首先必须遵循生态服务价值的一般原理，其次必须符合自然生态系统整体服务功能的规定，最后还应反映生态服务功能的特殊实现类型和方式。为此，根据生态服务功能反映生态价值的一般途径，结合生态服务价值的表现形式和实现途径，生态资本投资的生态价值可以分为生物生产价值、气候调节价值、土壤保持价值和环境净化价值。

（一）生物生产价值

生物生产价值主要通过生态服务功能中的生态产品生产功能表现出来。由于生态生产的直接目的是为人们提供生态产品和原材料，而生态资本投资从本质上说就是把生态环境和生态资源作为生态型生产要素进行投入、转化和产出的过程，因此，也可以认为这一过程便是生物的生产过程，在价值上体现为生物生产价值。

（二）气候调节价值

气候调节价值主要通过生态服务功能中调节大气、气候和水分的功能而体现出来。在生态资本投资过程中，农业生态系统通过有意识、有目的地充分利用绿色植物的光合作用，不断吸收二氧化碳，释放氧气，而异养生物则不断消耗氧气并产生二氧化碳，从而使得地球大气成分维持稳定的氧化状态。同时，生态资本投资系统对区域性气候具有直接的调节作用，如植树造林可以增加当地的湿度和降雨量，且能够调节气温和风速。(www.daowen.com)

（三）土壤保持价值

土壤保持价值主要体现在生态服务功能中土壤肥力的更新与维持功能、养分的循环与贮存功能以及防止水土流失功能。土壤的生态服务功能相当巨大，包括为植物生长发育提供场所，使植物种子在土壤的支持下完成其生命周期；土壤对有机质的还原也起着关键作用，在还原过程中能够将许多人类潜在的病原体无害化，生态资本投资将土壤（土地）视为一种特殊的生态资本，利用生态工程技术保持土壤肥力，从源头上提升土壤生态服务功能，体现土壤保持价值。

（四）环境净化价值

环境净化价值主要通过生态服务功能中的环境净化功能与有害物质的降解功能、病虫害的控制功能、水质净化功能等体现出来。生态资本投资通过采用环境友好型生态技术，减轻自然灾害的影响，利用生物竞争捕食关系限制有害生物数量，通过生态工程进行生态修复，有效保护生态环境，改善空气、水、气候等环境质量要素的品质。生态资本投资的过程就是环境质量提升的过程，生态资本化与资本生态化的结果最大限度地实现了环境净化价值。