（一）全面原则

构建的指标体系应较全面、充分地反映整个农业生态系统的复杂内涵，表征出系统内各个主要环节的运转过程，包括系统内能量流、物质流、价值流的发展水平和投入产出情况。指标体系既能反映局部、当前、单项的特征，又能反映全局、长远、综合的特性，并且能够客观地反映农业在生产过程中手段与目的之间形成的固有关系。

（二）动态原则

农业生态评价指标应反映系统静态状况，同时重点从动态的角度来反映和评价系统的效益。评价的结果既能直接反映系统的质量水平，又能尽可能全面反映系统表现属性及相互关联作用。综合评价的结果既能说明系统的现状，又可以预测系统的发展趋势，还要能反映出系统的应变能力和稳定性。(www.daowen.com)

（三）层次原则

评价指标的选择应侧重于那些能表现系统结构改善和功能发挥的因子，评价的判断标准应是系统效益是否整体趋优，评价的重点应以农业生态系统的结构和功能为准，全面反映农业内容、过程和效果。农业受地域和自然环境的影响很大，农业生态系统评价的目的是挖掘人为作用和自然资源的潜力、综合因素的开发利用水平。为提高横向、纵向评价的可比性，评价指标还要适当抽象，以相对效率作为评价的主要依据，尽量剔除因特殊自然资源对系统的作用而出现的特殊情况。