在这一阶段，环境保护与经济发展相结合的可持续发展战略被确立为我国发展的基本战略，转变了过去“发展经济、牺牲环境”的发展策略。此阶段最大的进展主要表现为：尝试系统地以农业生态资源作为资本参与宏观调控；将节约能源和保护耕地列入各级政府的考核体系；推动农业生态资源市场化的改革。

为了推动此次改革，国家统计局颁布的《中国国民经济核算体系（2002）》，不仅设置了自然资源实物量核算表，还编制了全国土地、森林、矿产、水资源的实物量表；通过和挪威统计局合作，编制了能测算我国8种大气污染物排放量的中国能源生产与使用账户；翻译了联合国出版的《综合环境与经济核算体系（2003）》（Integrated Environmental and Economic Accounting 2003）。在这个阶段中国开始建立比较全面的资源环境统计制度，将自然资源纳入国民经济核算的范畴中。生态资源价值核算体系的建立是农业生态投资的基本条件。(www.daowen.com)

2002年，国家提出在遵守经济发展规律的基础上发展环保事业，走市场化和产业化的发展道路。2002年，江泽民同志在中央人口资源环境工作座谈会上指出，要“积极推广生态农业和邮寄农业，保护农村饮用水源地，保证食品安全”；2005年，时任国家主席的胡锦涛强调，“要启动农村小康环保行动计划，把防治土壤污染提上重要议程，科学使用化肥、农药，加大水产养殖和畜禽养殖业的污染防治力度，保证农产品品质”。2007年国务院发布《国家环境保护“十一五”规划》确定要开展农村环境综合整治，加强土壤污染防治，控制农业面源污染，发展生态农业，优化农业增长方式。2008年7月，国务院首次召开全国农村环境保护工作电视电话会议，把农村环境保护与城市环境保护统筹考虑、全面推进。2009年，国务院发布了《关于实行“以奖促治”加快解决突出的农村环境问题的实施方案》，明确提出以奖促治，积极推进农村环境综合整治。在这一阶段通过前期农村环境大规模治理投入，环境执法监管力度不断加大，农村环境综合整治成效明显，但是我国环境状况总体恶化的趋势尚未得到根本遏制，环境矛盾凸显，压力继续加大。出现这种情况的主要原因是政府主导的农业环境整治投入在资源配置上存在效率较低、供给不足以及价格扭曲等问题，还需要通过推进市场化深度改革来进一步完善。