三九集团因欠银行债务过百亿元而难以为继，从2004年起便着手重组，拟引进战略投资者挽救三九集团。经国务院批准，三九企业集团(深圳南方制药厂)及其下属企业的20家金融债权人组成三九集团债权人委员会(以下简称三九债委会)，同意对三九集团的债务进行重组。2004年9月26日，三九医药发布公告表示，此次三九医药方面将一次性向银行偿还44.57亿元的债务，而该方案比此前业内曾流传的43亿元的方案多出了1.57亿元。

三九医药公告称，本次重组债务包括三个部分，分别为三九集团层面重组债务、三九医药层面重组债务及三九宜工生化股份有限公司、深圳市三九医药连锁股份有限公司及其控股的各级子公司重组债务。公告显示，三九医药层面重组债务(截至债权债务核实日2007年6月20日)本金共计35.9亿元，其中，三九医药因对三九药业部分债务及三九生化部分债务提供担保而需要承担连带还款责任的债务本金共计5.1亿元。债务重组协议生效日起1个月内，债务人三九集团及下属企业、战略投资者华润(集团)有限公司、收购方新三九控股有限公司共同作为偿付方，向债权人一次性全额支付45亿元，用以清偿集团和三九医药层面重组的债务本金、三九医药层面的欠息及诉讼费。

债务重组后，三九医药预计负有不超过6亿元的银行借款。债权人同意，豁免所有三九医药层面重组债务相关的罚息及复利；解除三九医药对相关重组债务的担保责任；解除所有与三九医药层面重组债务相关的抵押、质押及查封、冻结，并对其提起的所有与重组债务相关的诉讼案件、仲裁案件及执行案件予以撤诉或撤销执行申请。业内人士指出，三九医药的清欠方案与三九集团的债务重组密切相关。截至2006年年底，三九集团未清欠金额高达37.4亿元，大抵相当于三九医药资产总额的一半。(www.daowen.com)

国务院国资委(简称国资委)选择了内部解决——由华润去重组三九。重组者和被重组者，同为国资委全资持有的央属企业。华润集团获得对三九集团的战略重组权后，在国家工商总局注册成立了新三九控股，作为重组三九集团的管理平台。三九医药作为三九集团下属核心企业，最后由华润集团、新三九控股有限公司、三九集团及其下属企业在自债务重组协议生效日起1个月内向债权人一次性全额支付44.57亿元，用以清偿全部集团层面和三九医药层面重组债务本金、三九医药层面欠息及诉讼费。至此，三九集团的债务重组最终得以完成。