我国目前以禁限性管制为中心的耕地保护制度，如耕地占用税、耕地复垦费和征用土地补偿费的相关规定，仍沿袭了我国于20世纪90年代所制定的一系列具体制度，是国家基于维持耕地总量及耕地的耕作用途、保证耕地外部效益的持续供应、实现社会整体利益最大化等多方面的考虑而制定的。但对耕地用途的严厉管制，在制度设计中往往是以耕地的低报酬和高机会成本为代价的，通过牺牲耕地发展的经济利益来换取国家粮食安全和生态平衡等外部效益。农民通过维持耕地外部效益的持续供应，增进了全社会的福利，却未能获得与之对应的补偿，这必然会极大地抑制农民保护耕地的积极性(王子涵，2015)。此外，农民作为理性的“经济人”，在巨大的经济利益的刺激下，现行制度很难保证农民不会违背国家耕地保护制度的相关规定，抛荒弃地或者追求经济收益较高的非农利用。从耕地正外部性内部化的角度来讲，禁限性耕地保护制度的构建者显然意识到了耕地的外部效益，但其管制的思路却从社会需要的立场，无视耕地正外部性的内部化，强制外部效益的生产者承担相应的成本，这不仅不能将耕地所产生的外部效益内化为生产者的私人收益，形成正向激励，反而违背了“理性人”追求利益最大化的本能，违背了公平正义原则的应有之义，使禁限性耕地保护制度南辕北辙，耕地保护目标难以落实。

由于耕地保护缺乏必要的激励机制和利益再分配机制，耕地保护丧失的耕地非农化的机会收益不能得到合理的补偿，使耕地保护成本内部化，收益外部化。由于缺少科学的补偿机制，粮食安全的“搭便车”现象加剧，加大了粮食安全的隐患。耕地保护收益外溢的加剧，也造成了区域经济发展的不平衡(范少冉，2005)。而发达国家已经构建了完善的土地补偿体系，能够熟练运用经济、行政与法律手段，为耕地数量保护与生态环境保护提供有效的制度支撑。并且发达国家的实践经验证明只有在约束耕地使用者不良经济行为的同时给予耕地保护者一定的经济性补偿激励，才能从根本上纠正耕地保护利益相关者的消极行为，调动耕地保护者的积极行为，最终解决耕地污染和过度流失问题(单丽，2016)。

我国耕地保护制度中存在的问题主要在产权激励缺失、农业补贴政策和耕地占用税制度不完善这三方面。首先，在我国现行的耕地保护制度中，并未对耕地外部效益产权的归属进行规定，从而使耕地外部效益的产权始终处于模糊不清的状态，导致产权“将外部性内部化”的功能无从发挥，难以形成对市场主体的有效激励；产权的实现也需要借助政府的介入，保障产权机制的有效运行，促进产权利益的实现。其次，农业补贴作为政府保障耕地外部效益产权利益实现的重要工具，在我国亦存在诸多的弊端：补贴种类少，范围小，相较于欧美发达国家的农业补贴，我国农业直补仍有较大的进步空间；农业补贴力度小，人均得到的补贴金额非常低，与耕地创造的正外部性形成鲜明对比；农业补贴政策中耕地保护内容不明确，与耕地保护目的脱节，难以直接高效地完成对耕地保护主体的激励。从耕地占用税制度来看，征税标准属于从量定额征收，在占用耕地数量确定的情况下，征税数额与占用耕地的面积成正比，而与耕地的等级和质量无关，容易造成质量较高的耕地与普通耕地的占用税相同，从而使耕地外部效益的极大差距难以在税法上有所体现，无法形成有针对性的、宽严相济的激励机制。(www.daowen.com)

由此，为了保护耕地资源，在“激励”的逻辑框架下，可以考虑引入美国的农业保护地役权购买制度(许迎春，2011)，明确农业地役权指向的主体，形成有针对性的激励机制，将国家的耕地保护意图与农民的利益紧密结合。完善农业补贴政策方面，适度提高农业补贴的水平，明确对耕地保护进行补贴的内容。完善耕地占用税制度，改定额税制为比例税制，并严格将耕地占用税收入用于耕地的开发和保护，保证税收专款专用，从而充分发挥耕地占用税对耕地保护的激励功能，构建中国特色激励性耕地保护制度(王子涵，2015)。