1998年，《土地管理法》修改完成，以立法的形式确认了“十分珍惜、合理利用，切实保护耕地”基本国策的法律地位，同年也成立了国土资源部，进一步明确了我国耕地保护的职能部门，为更好地保护耕地提供了组织基础。修订后的《土地管理法》及这一时期制定的一系列政策构成了耕地保护的政策体系。1999年新《土地管理法》实施，国家实行占用耕地补偿制度，明确要求“非农业建设经批准占用耕地的，按照占多少，垦多少的原则，由占用耕地的单位负责开垦与所占耕地数量和质量相当的耕地”。随后，耕地保护政策不断出台，保护手段日益多样化。行政手段仍然是耕地保护的最重要手段，并发挥着重大作用；也新添了经济手段，如提出对征地进行补偿；新《土地管理法》的实施从法律上解决了土地管理特别是耕地保护问题，技术上也得到了国土资源部的重视，如四项行业标准的集中发布。

这一时期，我国基本农田保护区调整划定工作基本完成，耕地管理的体制也得到了相应调整，较为系统地构建了耕地保护政策体系框架，耕地资源的占用也在很大程度上得到了有效控制。但由于工业化与城市化迅速发展的惯性作用，耕地的数量与质量仍不容乐观，建设占用与生态退耕、农业结构调整导致耕地持续减少，加上自然灾害雪上加霜，我国仍处在耕地快速流失期(吴群，2011)。(www.daowen.com)