农村宅基地历史遗留问题主要包括：因历史原因形成的超标准占用宅基地、一户多宅、违法占地建房、非本集体经济组织成员占用宅基地等。其具体成因包括农村宅基地立法滞后、农村社会关系深刻变化、宅基地制度政策频繁变动、农村土地管理力量不足、宅基地违法清查不到位等。

鉴于农村宅基地历史遗留问题量大面广，且成因复杂、关系敏感，各级政府在处理这些问题上历来比较谨慎，注意综合各种主客观因素，权衡各方利益。结合已有规定和试点做法，宅基地历史遗留问题处理应当遵循以下原则：(1)依法依规，尊重历史。既要严肃规范有章可循，又要注意把握不同历史时期的制度和政策，避免简单化。(2)规划管控，用途管制。宅基地历史遗留问题的处理应当与土地利用规划、村庄规划管理规定相衔接。不得借机将小产权房等违法建设、违法用地合法化。(3)因地制宜，合理可行。综合考虑各地自然条件、人均占地、民族习俗和经济水平，统筹主客观因素，兼顾国家、集体和个人利益。(4)多措并举，标本兼治。将历史遗留问题处理与宅基地有偿使用、有偿退出等相结合，既能有效遏制违法行为，又有利于长效管理。(www.daowen.com)

具体处理办法：(1)对于宅基地超占面积的处理，一般是划分年代、确定标准，并与有偿退出、有偿使用、确权登记等相结合，制定处理政策。(2)对于一户多宅问题的处理，一般是根据一户多宅的成因，区分合法形成与非法形成、本集体经济组织成员与非本集体经济组织成员等情况，制定处理政策。(3)对于违法占用宅基地问题的处理，一般是区分违法主体(本村成员或非本村成员)、违法种类(擅自占地建房或非法转让宅基地)、违法性质(违反规划或一户多宅)等，制定处理政策。(4)其他问题的处理。农村宅基地历史遗留问题，往往还涉及村庄规划、房屋管理等问题，需要一并制定处理政策。