《意见》要求，“农村集体经营性建设用地入市，农村集体经济组织取得出让收益，政府应综合考虑形成土地增值收益的因素，从当地实际出发，确定合理比例收取土地增值收益调节金，以实现土地征收转用与集体经营性建设用地入市取得的土地增值收益在国家和集体之间分享比例的大体平衡”。但是，如何在政府与集体之间、不同集体之间建立起合理的土地增值收益分配机制，仍然有待深入探索。

地方政府与农民集体之间入市收益分配。这个问题除关系到地方政府能否获得可持续财税收入外，还关系到土地征收转用与集体土地入市取得的土地增值收益在国家和集体之间分享比例能否大体平衡，以及不同集体经济组织之间土地收益能否公平分配。这是因为，只有征收补偿与入市收益大体平衡，新的制度才能为各方面所接受；也只有政府具备足够财力，才能对承担生态和基本农田保护的区域实行必要的财政转移支付(土地发展权转移)。具体来说：一是“收什么”。未来对于集体经营性建设用地入市的一般行为，可以采取征收土地增值税(而非土地增值收益调节金)的办法，征税更符合农村集体经营性建设用地的所有权属性和正税、减费的税改原则。而在整体实施农村土地综合整治的地区，也可以借鉴境外做法，实行“谁受益谁付费”，由集体经济组织分担公共设施用地和抵费地。二是“收多少”。《农村集体经营性建设用地土地增值收益调节金征收使用管理暂行办法》规定，“调节金分别按入市或再转让农村集体经营性建设用地土地增值收益的20%～50%征收”。这个比例参考了国有土地出让金提取情况、政府投入的基础设施配套费用和前期相关探索实际。广东是最早探索集体建设用地入市的省份，市县政府收取的土地增值收益一般在40%左右，其中深圳在50%左右。三是“如何收”。结合农村实际，可以按照土地出让净收益的一定比例收取，也可按成交总价款的一定比例征收。值得指出的是，由于土地增值收益调节金的收取事关地方政府可持续财税模式的培育发展，事关地方政府在平衡征地与入市收益、协调不同农村集体土地收益的能力提升，不宜片面提倡降低土地增值收益调节金的收取比例。(www.daowen.com)

不同农民集体经济组织之间入市收益平衡。对城镇建设用地而言，土地使用权出让收益全部上缴地方财政并实行收支两条线管理，不同用途、不同区位的地块出让收益虽然差距很大，但政府可以统一调配和使用，不存在出让收益的平衡问题。而农村集体经营性建设用地一般分属不同的集体经济组织，因规划用途、交通区位的不同带来的入市收益差异，如果不能通过适当方式予以平衡，就会在农村集体经济组织之间造成巨大利益失衡，引发社会矛盾。因此，如何平衡集体经济组织之间因用途、区位造成的入市收益差异，就成为入市顺利推进的关键。浙江德清采取“按类别、有级差”的方式来收取增值收益调节金和鼓励集体经济组织之间合作入市、按份分配，上海松江实施镇、区两级统筹，等，初步找到了不同集体经济组织之间入市收益的平衡途径，值得借鉴。