除港口服务业外，港区内可能会吸引临海制造业投资设厂，如重化基础工业和再加工出口产业等。重化基础工业与集装箱运输的相关性较低，在“本地化生产”及“区域物流”背景下，两岸间在重化基础工业方面合作的空间有限。出口加工方面合作的前景更为广阔。出口产业应以免税制造作业为主，按照通关作业和发展特性可分为加工出口区和自由贸易港区等。

加工出口区以保税加工制造为主，区内虽有仓储物流设施，但以服务区内制造厂商为主，与港口的作业相关性较低。紧邻港口的加工出口区，其运输及物流成本将较一般加工出口区更低。

自由贸易港区（保税港区）以境内关外的方式运作，区内除了引进再加工出口制造业外，也同时容纳物流、仓储、配销等相关作业，区内的货物可自由流通，不会有关税问题。不同的自贸港区间如能互补，将可形成自由贸易港区的网络，吸引大型企业设置跨国作业平台。除可降低厂商的制造及营销成本外，对港口的运量及相关产业也有所帮助。两岸自由贸易港区间的合作基础包括：

（1）两岸间密集的航线；

（2）文化背景相同，语言沟通无障碍；

（3）台商在大陆大量投资制造业所形成的零组件供应链；(www.daowen.com)

（4）台商在国际市场上所拥有的管销经验；

（5）MIT（Made In Taiwan，中国台湾制造）的品牌附加价值已逐渐建立；

（6）两岸间已有部分产业已形成垂直分工模式。

两岸间产业如能利用以上基础进行合作，特别是在航运管制、通关作业及行政程序等方面的改善可以使货物流通更加便捷，将在推动两岸出口加工和港口相关产业方面的合作发挥重要作用。