在航运联盟发展的同时，航运企业并购力度也开始加大。航运企业的并购行为始于20世纪80年代中期，90年代后期高度活跃，但规模相对较小，至2005年并购行为达到高潮，其中马士基收购铁行渣华为规模最大和影响最深远的并购。航运企业在不同时期并购行为的目的也不同。90年代前以强弱兼并为主，90年代后则以强强联合为主，“超级航母”成为并购方的发展目标。2005年前并购行为多因被收购方经营不佳而被迫出售资产，2005年后虽然被收购方经营较好，但由于预测航运业不久之后将呈下降趋势，于是主动出售资产。并购行为也从航运联盟内部逐步扩展到跨航运联盟间，竞争对手也成为兼并目标。

并购行为使并购方航运企业的势力发生了显著变化，航运企业和航运网络规模迅速扩大。如1996年英国铁行和荷兰渣华合并为铁行渣华，跃居全球第三位；1997年东方海皇收购总统轮船使其全球排名由第十五跃至第五位。同时，并购行为也越来越复杂。航运企业在并购其他企业的同时，也为其他企业所并购。如铁行渣华与马士基/海陆。前者从90年代中期先后并购蓝星、塔斯曼航运、法雷尔航运和哈里森航运等企业，而2005年为马士基/海陆所收购。其中，居全球前20位的马士基/海陆、赫伯罗特、东方海皇、汉堡南方、法国达飞、南美航运、日本邮船、长荣、韩进等航运企业是并购行为的主要驱动者和受益者。(www.daowen.com)

宏观而言，运力过剩和全球化趋势是导致航运业并购浪潮的两个根本原因。从企业层面来看，航运企业参与并购的动机总的来说可以归结为两个主要方面，即通过横向并购扩大市场份额，通过纵向并购拓展企业价值链实现向综合物流企业的转变以及混合并购以分散经营风险。