同大陆港口管理体制相似，台湾岛内的港口管理体制也经历了政企合一到市场化的过程，但是台湾岛内港口公司化进程与大陆相比起步较晚，其在相当长的一段时间内，不断优化调整“航、港、关税”的管理结构，并确定了“地主港”的运营模式。

（一）日据时代末期的港口管理体制

日据时代末期（1943～1945年），台湾岛内的港口管理主要实行“航、港、关税合一”的体制，即由港口的管理机关统管该港口的航政、港政与关税事务。在这一时期，日本占领者在基隆港所在的台北州设立“港务部”，作为基隆港的营运机关，并由“台湾总督府”的“交通局”监督。1943年，为统一港口的管理事宜，成立直属于“台湾总督府”的基隆港务局；此外又在另一重要港口高雄港设立“高雄港务局”，这两个港务局均直隶于“台湾总督府”，港口的“航、港、关税”等事项都受到“台湾总督府”的统一管理。

（二）光复后的港口管理体制

1945年到1999年这一时期是台湾全岛光复之后的港口管理体制阶段。这一时期，根据“航、港、关税”三者的关系，又可分为以下两个主要的阶段。

1.各港口“航、港、关税分立”管理体制时期

1945年到1946年，“航、港、关税”又经历了短暂的分立阶段，这主要表现在以下三个方面。

（1）航政管理。1945年，台湾行政长官公署的交通处设立了航务管理局，综合管理台湾的航政管理业务，并在基隆、高雄两个港口分别设立了办事处，而台湾行政长官公署交通处的航务管理局并不受中央主管机关的管辖。

（2）港务管理。1945年底，由台湾行政长官公署交通处在基隆、高雄两个主要港口分别设立基隆港务局和高雄港务局，设立之初仍沿袭了日据时期的港务局编制。

（3）关税管理。1945年底基隆和高雄港务局成立时，又将日据时期所管辖的“关税”分离出来，改制为“财政部台北关”以及“财政部台南关”，交由其管理。(www.daowen.com)

2.各港口“航港合一”管理体制时期

1946年到1999年，台湾的主要港口逐步进行“航港合一”管理体制改革。各港务局开始兼管航政管理业务，此前负责航政管理的航务管理局被裁撤，旗下的基隆及高雄的办事处分别被并入基隆及高雄港务局，在旗下另设航政组接办航政管理业务，同时裁撤台湾行政长官公署交通处下设的“航运恢复委员会”。1947年台湾行政长官公署裁撤，台湾省政府正式成立，交通主管机关将台湾岛内的航政管理业务委托台湾省政府代管，实际业务的执行则由各港务局办理。基隆及高雄港务局下各设“航政组”。

1947年底，原隶属基隆及高雄市政府的“水上警察所”改制为“港务警察所”，直属于“台湾行政长官公署警务处”，并受港务局的监督指挥，采用双重领导制，建立了“港政”与港区“警政”合一的管理体制。同年底，台湾岛内检疫总所成立，原属于港务局管辖的检疫业务移出，海港检疫所也划出港务局的编制。

1949年初，台湾省通运公司及各港务公司的码头装卸监理处一并裁撤，另由各港务局设立码头管理处接办。此后，仍维持委托台湾省政府暂行代管各个商港的管理体制。“航港合一”的局面一直持续到1999年台湾岛内实行商港管理体制改革时为止。

（三）“航港合一”至“政企分离”

1999年，台湾岛内开始实行港口管理体制改革。各港务局改为由“航政司”掌管商港的业务。商港的规划与兴建计划，是由交通主管部门拟订后再报请当局高层核定施行。在港湾与码头管理方面，则依据《商港港务管理规则》及《商港栈端口管理规则》施行。当局高层主管机关下设4个“商港管理机关”，包括基、台中、高雄及花莲等4个港务局。另外，各港务局就近设立分局或办事处，管理其辖区内的辅助港与岛内商港。未属于当局高层主管机关管辖的商港是金门与马祖的商港，这两个商港分别由金门县政府及连江县政府所设港务处管理。

（四）“政企分离”时期

2012年至今，是台湾岛内港口管理的政企分离时期。为适应港口公司化的发展趋势，2012年3月1日，岛内航港体制进行了重大变革，港务局的角色一分为二：岛内有关航政及港政公权力事项由航港局负责，而港口经营业务则由港务局改制的“港务股份有限公司”（以下简称港务公司）负责。其中，航港局为交通主管机关的直属单位，职掌有关航政及港政行政管理事务。港口经营业务则由港务局改制的“港务公司”负责，总公司下分为基隆、台中、高雄及花莲港务分公司（以下简称港务分公司）经营各港，各港务分公司原有业务和市场保持不变，但需要各分公司在市场竞争中不断提升港口竞争力。