政治上缺乏相互信任是最大的障碍。没有互信和平稳的政治关系，谈判不可能顺利进行。

一是中日在钓鱼岛、日韩在独岛（韩国称竹岛）、中日韩海洋权益分歧问题上的争论已对中日韩经济合作产生实质性影响。在国家关系中，领土主权问题历来最为敏感，各国在此问题上都不肯轻易让步，一旦擦枪走火，必然严重损害国家之间的政治互信，这是中日韩FTA谈判中需要认真考虑的重要政治因素。

二是日本政府对历史的态度问题。由于中韩两国都曾经遭受过日本的侵略和奴役，但“二战”后日本政府缺乏深刻的反省和认识，且经常出现政府高官美化侵略历史、参拜靖国神社等错误言行，严重伤害了中韩两国民族感情，增加了对日本的不信任感，阻碍了三国经贸合作的正常发展。

三是日本政府不断推动“修改宪法”。最近20多年来，日本正逐步偏离“和平宪法”，从2003年国会批准“有事三法案（《应对武力攻击事态法案》《自卫队修改案》和《安全保障会议设置法修改案》）”，到2004年重在修宪的《2004年活动方针》的提出，2007年1月，首届安倍内阁将日本防卫厅升格为防卫省，从而使自卫队向国防军转变迈出了重要一步。2012年12月，安倍提出将自卫队升格为“国防军”，制定《国家安全基本法》，使日本自卫队行使集体自卫权成为可能。2013年1月，日本政府召开内阁会议，决定修改现行《防卫计划大纲》《中期防卫力量整备计划》；5月，自民党确定新《防卫计划大纲》建议，其内容包括制定自主宪法、修改宪法第9条、建立国防军、制定《国家安全保障基本法》等。这些都表明，日本政府正在彻底抛弃其承诺的“永不再战”的和平宪法。(www.daowen.com)

四是复杂的东北亚局势可能会影响三国之间的政治互信。虽然冷战已经结束多年，但冷战的影响并未完成消除，冷战思维仍在东北亚地区存在，如日本和韩国均与美国签署安全保障协定，特别是《日美防务合作指针》将朝鲜半岛和中国台湾省列入防务合作范围。这非常不利于中日两国关系的发展和建立良好的政治互信。

实际上，上述因素已经开始影响中日、日韩经贸关系，中日经贸明显萎缩，日韩宣布终止货币互换协议扩大措施，国民感情受此影响日益疏远。在此背景下，自贸区建设进程有可能出现反复。