农业问题是影响中日韩自贸协定进程的主要瓶颈。日本农业是一个相当敏感的领域，在提及中日韩自贸协定时，日本各界无不担忧地表示，如果在农业领域推进自由化，恐将有中国产大米等更多的廉价农产品进入日本市场。韩国农业的保护程度也较高，因为农业问题，日韩谈判一直迟迟未果。因此，中日韩三国在农业问题上的分歧，一直是组建自由贸易区的一大瓶颈。部分学者认为，在现阶段，暂时搁置大米等敏感度高的农产品市场开放问题，承认动植物检疫等非关税措施限制交易的问题较全面开放市场更加具有实质性意义，在互补性关系中增进区域内农产品交易，就能最大限度地减少纠纷。

日本是个岛国，属典型的人多地少国家。其粮食供给大部分依赖进口，进口量约占世界粮食进口量的10%左右，仅有水稻的自给率在90%以上。国内种植的经济作物主要是甜菜和大豆，但均远远不能满足其国内需求，需要大量进口。在日本的水果品种中，柑橘、苹果和鲜梨的产量能够满足国内消费需求，其他的则需进口来弥补其供需缺口；蔬菜贸易以进口为主，出口金额较小，我国为其最主要的蔬菜进口来源地。禽畜养殖业以牛、猪和家禽为主，均存在供需缺口。总体而言，日本与韩国类似，农产品生产基本不能满足国内消费需求，大部分农产品存在供需缺口。

中日韩自贸协定的签订将进一步放大中国农产品在日、韩市场的利益。韩国和日本是我国农产品的主要出口市场，而在我国农产品进口方面，韩国和日本均处在无足轻重的位置。从这方面来看，中日韩自贸协定的签订只会对我国农产品的出口构成利好，而对农产品的进口影响微乎其微。从中日韩三国农业的比较优势来看，我国农产品的比较优势明显，韩国和日本具有比较优势的农产品数量有限，这也使得我国农业会从中日韩自贸协定中所获得利益更大。(www.daowen.com)

中日韩自贸协定的签订将扩大我国农产品出口规模，提高农产品利润率。中日韩自贸协定的达成必将促进农产品进口关税的下降，虽然幅度的大小尚未可知，但关税下降是必然的。未达成中日韩自贸协定之前，日韩对农产品进口实行高关税保护，我国农产品进入日韩国内市场必须以极低的价格才能占有一定的份额，否则在高关税之下根本没有竞争力；而随着农产品关税的下降，我国农产品的出口价格可以在原有基础上提高而不至于丧失市场份额。

中日韩自贸协定的签订有利于中国农业技术水平的提高。日韩虽然对国内农业采取保护措施，但其农业技术水平处于世界前列。尤其在农产品的良种研发方面，日本和韩国均具有一定的比较优势。中日韩自贸协定的达成将促进三国农业间的合作、有利于引进优良品种，这对提高我国农产品的单产效率和产出规模，提高我国农产品竞争力具有重要促进作用。当然，对日韩农产品种子的依赖有可能会造成农产品生产受制于人，因此，对引进的良种进行改良和创新将为我国农业现代化奠定良好的基础。总体来看，中日韩FTA对中国农业发展和农产品贸易的利大于弊。