福建经济功能区被赋予了在海峡两岸协同创新方面先行先试的使命，加快福建经济功能区建设，将进一步提升福建在两岸交流合作中的影响力，有利于积极探索两岸同胞创建共同家园的新模式，有利于创新深化两岸交流合作的新机制，有利于在更高起点、更广范围、更宽领域推进海峡两岸的合作发展。

在中国诸多自贸区中，福建自贸区是唯一将“深化两岸经济合作”当作自身定位和发展目标的自贸区。《中国（福建）自由贸易试验区总体方案》《进一步深化中国（福建）自由贸易试验区改革开放方案》均明确，进一步发挥沿海近台优势，深化两岸经济合作。立足于建设深化两岸经济合作示范区的福建自贸试验区坚持打造对台特色，发挥对台优势，在金融、增值电信、医疗、旅游、人力资源、电子商务等50多个领域率先对台开放，在与台湾产业合作机制上不断创新。

福州新区首要的战略定位是要打造成两岸交流合作重要承载区，实现在更高起点、更广范围、更宽领域推进海峡两岸交流合作。为此，福州新区以海峡论坛为平台，深化民间交流，提升科教文化交流水平；以榕台青年交流为主题，建设海峡两岸青年交流营地，支持和鼓励台湾青年“登陆”创业就业。充分利用福州与台湾之间的地理区位邻近优势，建设对台航运中心、对台航空联系枢纽和对台信息交流中心，努力将福州新区建设成为两岸交流往来的综合枢纽。(www.daowen.com)

福厦泉国家自主创新示范区被确立了清晰的发展坐标，赋予了在海峡两岸协同创新方面先行先试的使命，即：打造连接海峡两岸、具有较强产业竞争力和国际影响力的科技创新中心，努力建设成为科技体制改革和创新政策先行区、海上丝绸之路技术转移核心区、海峡两岸协同创新和产业转型升级示范区。[10]