1986年2月恢复鄞县交通工程队，为全民事业单位，企业化管理，由鄞县交通局直辖。

1987年6月将人事秘书股、运输工业股、计划财务股、交通工程股改为人事秘书科、运输工业科、计划财务科和交通工程科。

1987年9月恢复鄞县公路运输管理所，建立鄞县公路稽征所，两者合署办公，性质为全民事业单位。同月，交通监理职能从鄞县公管所（原鄞县交通监理所）析出，划人鄞县公安局。

1987年12月恢复鄞县邱隘区、钱湖区、大嵩区、横溪区、望春区、鄞江区、姜山区、章水区各区交通管理站。区交管站系鄞县交通局派出机构，性质为全民事业单位，业务上同时受县运管所、县稽征所及上级对口单位指导。

1988年1月鄞县交通局由宁波市海曙区浩河街200号迁至宁波市江东区甬港北路16号。

1989年1月鄞县交通局机关撤运输工业科，分设运输管理科和工业管理科。

1989年12月市府发文同意鄞县公路段成建制下放给鄞县，由鄞县交通局管辖。

1993年3月在鄞县交通工程队的基础上组建鄞县交通工程公司，保留鄞县公路工程管理所牌子。

1994年4月成立鄞县交通工程建筑管理处，与鄞县公路工程管理所一套班子，两块牌子。

1995年4月鄞县交通局机关运输管理科和工业管理科合并为企业管理科。

1995年4月建立鄞县交通勘测设计处，为局属全民事业单位。

1996年2月建立鄞县交通建设工程质量监理站，在鄞县交通勘测设计处挂牌。

1996年7月鄞县交通工程管理所并入鄞县公路段。

1996年11月鄞县交通局机关人秘科改为办公室。

1996年12月鄞县高等级公路建设指挥部并入鄞县交通局。

1997年5月鄞县交通局机关企业管理科改为行业管理科。(www.daowen.com)

1997年12月鄞县航管所下属的五乡航管站与莫枝航管站合署办公；云龙航管站与姜山航管站合署办公，且迁址至鄞县中心区，设中心区航管站；横涨航管站与航稽征队合署办公。原七站一队调整为四站一队，即横码航管站、莫枝航管站、中心区航管站、高桥航管站和鄞县航政稽查队。

1999年6月成立鄞县交通局再就业服务中心，主要负责企业下岗职工再就业有关事项。

1999年10月撤并基层交管站，由八个区交管站变成五个，即姜山运管站、邱隘运管站、石碶运管站、集土港运管站、咸祥运管站。

2000年10月鄞县交通投资公司成立，属国有独资企业。负责交通基础设施建设投资和收费公路的收费管理，由鄞县交通局管辖。

2000年11月成立鄞县交通工程监理公司，挂牌在鄞县交通勘测设计处。

2001年5月鄞县交通勘测设计处更名为鄞县交通勘测设计院。

2001年12月鄞县交通工程公司转制为有限责任公司，更名为浙江恒立交通工程有限公司。

2001年12月宁波海事局鄞奉海事处成立，鄞县航管所部分职能（包括人员）纳入鄞奉海事处。

2002年4月县府批准“鄞州区交通局职能配置、内设机构和人员编制的方案”，新增的职能是汽车租赁业行业管理职能和汽车驾驶学校、驾驶员培训的行业管理。划出的职能是水上安全监督管理职能，车辆购置附加费的征收稽查管理职能。机关内设办公室、计划财务科、行业管理科、工程管理科。行政编制15名。

2003年7月批准设立绿化办公室，同月，增设鄞州区交通局人民武装部。

2003年10月鄞州区人民政府成立鄞州区农村公路建设领导小组，下设办公室。该办公室设在鄞州区交通局内（简称农村办）。

2004年12月鄞州交通勘测设计院转制，更名为宁波顺和路桥设计有限公司。

2005年4月局机关增设港口管理科。

2006年5月东钱湖辖区有关运输管理职能划归给东钱湖管委会交通局。