于2005年8月1日成立，隶属鄞州区铁路建设领导小组。区发改局、重点办是铁路指挥部的直接领导部门。区发改局副局长、重点办主任崔国忠兼首任铁路建设指挥部总指挥。2006年7月，由区发改局副局长钱磊接任。

区甬台温铁路建设指挥部下设办公室、工程科、征迁科、财务科，有工作人员11名。

该铁路建设指挥部的主要职责是：

1.根据区政府和市铁路指挥部的工作要求，制定征迁项目的年度和季度工作目标任务。按照计划落实各项措施。

2.按照铁路建设用地和各类建筑物拆迁的总体计划，及时协助上级部门和区属有关单位做好土地征用的计划、报批和落实工作，同时做好房屋拆迁的规划落实和动迁工作，并切实加强对各镇、街道铁路指挥所的工作指导。 (www.daowen.com)

3.按照区政府规定的有关土地征用和房屋拆迁的补偿、补助等有关政策，努力做好各类合同、协议的签订，按时做好政策的落实和兑现工作，妥善解决出现的各类矛盾。

甬台温铁路开工典礼

4.协助市铁路建设指挥部，做好铁路建设工程的进度、检查和督促工作。做好施工单位与乡镇、村级群众产生的各类矛盾的处理与协调工作，确保农村社会的稳定和谐。

5.统筹安排铁路征迁项目的财产收支计划和资金调度，加强专项资金的使用和管理。