鄞州区交通工程建设征迁工作的组织机构为区高等级公路建设指挥部（区交通重点工程建设指挥部）。它在区府（区交通局）领导下工作，实行两块牌子、一套班子的运行模式。现有征迁人员及勤务人员25人，属临时法人单位。

该部成立于1991年8月。当时因杭甬高速公路建造需要，由县政府牵头，抽调区级有关部门领导及有关同志若干名组成高等级公路建设指挥部，属县政府的一个临时职能部门。杭甬高速公路建成后，为适应日趋复杂的征地拆迁工作需要，于1996年底由县政府将高等级公路建设指挥部移交给县交通局，并延续至今。2007年3月，由于省、市交通工程项目以及区内重点工程项目实施线路的大幅增加，征迁工作环境的变化，征迁政策的调整，征迁工作力度的加强，区交通局又成立了鄞州区交通重点工程建设指挥部，与原高等级公路建设指挥部合署办公，进一步为高等级公路以及重点工程建设的政策处理工作理顺了关系，奠定了组织基础。(www.daowen.com)

主要工作职能是：在区交通局的领导下，对指定的省、市重点交通工程在区境内的项目以及区境内的重点交通工程项目实施建设前期工作以及土地申报、征用、房屋拆迁、三线一管迁移（电力线、广电线、通讯线、自来水管）、线外三改（改河、改渠、改路）地面附着物补偿、施工环境协调、征迁政策贯彻、执行等征迁日常工作，并在省、市项目业主及其委托的工作机构以及区政府、区交通局的领导、协调下向上负责。同时，向下协调和指挥各有关乡镇（街道）指挥所的日常征迁工作，做到上情下达、下情上达，以三级指挥机构的工作机制形成项目政策处理的合力，推进工程建设进度，保障工程施工顺利进行。