农业发展带来农产品的增加和农民的富裕，手工业发展带来手工业产品的增加，农产品和手工业品需要交换，这个过程就是商人通过商业完成的，所以说农业和手工业的发展是商业发展的基础。在农业、手工业和商业发展的基础上，许多大城市得以繁荣。例如，北京是全国的首都和政治文化中心，仕商群集，各地商货荟萃，传统的手工艺产品有景泰蓝、雕漆、玉器等，前门外是繁华的商业区。北京城在明朝修建的基础上，屡加修葺，形成了西郊园林区，有三山五园（畅春园、圆明园、万寿山清漪园（颐和园）、玉泉山静明园、香山静宜园）。宫殿坛庙、街道河流亦经大力改建修浚，形成了近代的北京城。又如，扬州位于长江北岸，濒临运河，是淮盐的集散地，经济发达，财货殷富，多富商大贾。

南京、苏州、杭州都是丝绸、布匹及其他手工业品的产地，产品远销各地，城内商铺林立，作坊星布，附近土地肥沃，富农桑鱼米之利；且文化发达，风景优美，苏州有园林之趣，杭州有自然之胜。广州是对外贸易的口岸，是封闭的封建中国通向世界的主要窗口。每年来往的商船很多，进出口商品聚散于此，号称“金山珠海，天子南库”。此外，景德镇的制瓷，佛山镇的冶铁，盛泽镇的缫丝，产品精良，远近驰名。汉口居长江中游，四通八达，为米谷、木材、食盐、药材和各种货物的集散地。

除了这些繁荣的大城市以外，广大农村有许多小城镇以及定期集散的墟场、市集、庙会形成广阔的商业网，是农民群众和坐贾行商进行交易的场所。清初，经济的发展与赋役制度的改革密切相关。清朝建立后，清政府逐步着手整顿混乱的赋役制度。顺治和康熙时，编定《赋役全书》，以明万历年间的赋役额为准，取消苛捐杂税，归并税收名目。又颁发“易知由单”“串票”，简化征收手续，改进纳税制度。但由于传统的赋役制度是按土地数量和人丁数目两个标准征收，分别为“地银”“丁银”，全国土地数目已难确知，人丁死亡隐匿流动，变动频繁，无法统计。(www.daowen.com)

随着生产的恢复和发展，国库有了盈余，清政府考虑不再增收人丁税。康熙五十一年（1712年），宣布滋生人丁永不加赋，将丁税总额固定下来，不再随人口的增加而增收，稳定了全国的丁税负担。为了进一步解决赋役混乱和负担不均，又于雍正元年（1723年）制定“摊丁入亩”政策，在各省陆续推广实行。此项政策将丁银平均分摊于地亩之内，不再按人丁和地亩双重标准收税，变成了单一的土地税。这是一项意义重大的改革，从此废除了中国历史上长期存在的人头税，简化了收税标准和手续，有利于丁多地少的贫苦农民。农民的人身依附关系也有所削弱。雍正时期还进行了其他改革，如耗羡归公，“耗羡”是为了补偿征收银米的亏损，于正税之外增收的附加税。