造成“清”而不“亲”政商关系的原因诸多，主要有以下几方面：

一是制度设计不完善，政企边界界定不清。有学员分析，造成长期以来政商关系越位、错位现象突出的原因主要是制度设计不完善。政府和企业之间、干部和商人之间缺乏清白、明确的行为界限和规范，导致干部有意撇清，民企怕惹麻烦，两者关系因此出现了非正常的疏远。一个领导干部如果将贷款或项目批给民营企业，一旦企业还款困难或者项目经营失败，往往会面临巨大的审计和监察压力。相反，如果将贷款或项目批给国有企业，压力则会大大降低。这也直接影响干部与企业接触的积极性。另一方面，也有学员直接指出企业家自身的问题。个别不良民营企业与官员勾肩搭背搞利益输送，腐蚀了官员，也伤害了自己，又损害了民营企业形象，影响了整个社会对民营企业的认识与观感。“一粒老鼠屎，坏了一锅汤”，客观上造成一些干部对民营企业避之唯恐不及。

二是思想观念落后，缺乏适应市场经济发展的现代契约精神。有些地方仍然官本位思想严重，重官轻商；关系文化、圈子文化盛行；缺乏现代契约精神，法律意识不强，“一朝权在手，便把令来行”，“今天谈好了明天官员不高兴就会变，换了主官更是要推倒重来。”以行政命令代替法律规则，不守信用，不遵守合同现象时常发生，政府信用和形象受到损害。另一方面，企业家缺乏现代市场经济意识，过度依赖官员和人脉关系，不能遵守市场规则。非公经济人士和领导干部之间互不信任，互相防范，官员怕商人利益腐蚀，商人怕官员吃拿卡要，无法按照市场经济游戏规则建立“清”而又“亲”的政商关系，影响制约了非公经济健康发展。(www.daowen.com)

三是存在信息鸿沟，政商之间信息不对称。建立良性政商关系主动权在政府。由于政府信息公布与企业获取之间存在较大信息鸿沟，导致善政不能及时惠及非公经济。各级政府非常重视发展非公经济，制定出台了很多含金量很足的扶持非公经济发展的政策。截至2015年底，省工商局整理摘录的国家和省上关于非公经济发展的政策共有61 份116 条。但是，一方面政策的制定过于原则，多为支持鼓励等指导性意见，缺乏操作细则和配套措施，执行标准、申请程序等也不具体，“玻璃门”现象比较严重。如在政府采购过程中，非公企业因对采购程序、优惠政策等不清楚，加之存在资金和资质门槛，实际无法进入，受益十分有限。另一方面，信息公开和获取的平台少、通道不畅，造成政商之间的信息鸿沟阻隔，非公企业不能及时有效利用政策。调研表明，有70%左右的非公企业主表示对各级政府出台的扶持政策不知情或知之甚少，扶持政策成为“抽屉政策”，一定程度上造成非公企业对政府的不信任和对政策的不关心，迟滞了非公经济健康发展。