不幸的是，大航海也使原先局限在一个地区的病魔闯入其他地区，夺去了成千上万的生命。

牛痘是发生在牛身上的一种传染病，是天花病毒引起的急性感染，母牛乳房会出现局部溃疡。天花病毒可以传染人类，但大航海前天花病毒仅限于欧洲，尤以英国为最，染病的多是挤奶员和宰牛场的工人。患者的皮肤会出现丘疹，慢慢发展成水疱、脓疱，对免疫系统有缺陷的患者而言，感染牛痘病毒就意味着死亡。

对于天花，美洲土著完全没有免疫力，大批人因此死亡。

欧洲人找到美洲，又把非洲黑奴卖到那里，造成人类史上规模最大的种族灭绝，亡者占总人口的95%。但是如果认为这些死亡全是武力征服所致，那就大错特错了。实际上，死于新疾病的人，是被暴力杀死的人的数千倍。在欧洲人抵达前，美洲没有霍乱、麻疹、伤寒、白喉、流行性感冒、百日咳。在欧洲猪出现之前，美洲也没有旋毛虫病。后来，黑奴和蚊子又带来了疟疾。所以，90%的土著不是被杀死的，而是因为没有免疫力，染上新病而死。(www.daowen.com)

从新病免疫力角度看，我们便会知道黑奴为什么那么受欢迎，市场价格为什么那么高。因为他们既不怕天花也不怕霍乱，更不在意自己带来的疟疾，他们的死亡率很低。

当然，欧洲人从没见过的美洲病，也给他们的染病者带来80%的死亡率。

哥伦布船队在海地岛很不检点，把那里独有的梅毒带回西班牙。起初，欧洲人并不知道这种最终会导致患者长满脓包、全身腐烂、痛苦不堪的疾病是什么，曾经管它叫“白人的耻辱”“大水痘”“那不勒斯症”“法国病”。死于梅毒的欧洲人超过1000万人，全世界死了多少人无法统计。