麦哲伦船队从西班牙出发时，船上共有266人，现在只剩下115人。这些人不可能操控三艘大船，所以只好放弃一艘船。于是，谢兰的康塞普西翁号被选中做牺牲。它早已漏水，难以继续航行。5月4日，船队停泊在保和岛（Bohol），船员们把康塞普西翁号上一切还可能有用的东西统统搬到另外两艘船上，空无一物的大船被付之一炬。

现在，麦哲伦留下的船队只剩下两艘船了，一艘是旗舰特立尼达号，另一艘是维多利亚号。

5月6日，当两艘船还在大海上茫然寻路的时候，从麦哲伦海峡临阵脱逃的圣安东尼奥号已经抵达塞维利亚，开始编造种种谎言。

与此同时，没有了天才的航海家掌舵，麦哲伦船队像瞎子一样在巽他群岛之间胡乱摸索。他们没有朝西南方向走，驶向近在咫尺的香料群岛，而是绕着弯子，去了西北方向，然后迷了路，在找不到目标的漂泊中白白浪费了半年时间。(www.daowen.com)

实际上，失去海军上将对军纪的严格约束，比失去船队总指挥不断指明前进方向，要更为可怕。卡尔瓦洛原本只是普通舵手，如果没有马克坦土著和宿务土著杀死了所有官阶比他高的人，他不可能成为统帅。他没有统帅的自持力，寻找香料群岛的一路上，他是任何一条小帆船都不放过，碰到什么抢什么。而被他抢来的财宝，他统统毫不客气地塞进自己的腰包。他大权独揽，既是司库，又是会计，他无须向任何人报账。麦哲伦过去为了保证风纪，从不让任何一个女人上船，而卡尔瓦洛先后从他抢劫的小帆船中抢来三名土著女人，说是要把她们送给西班牙国王，其实是做他的情妇。

小人得志终于引起众怒。维多利亚号船长卡诺说，这个人关心的不是国王的事业，是他自己的私利。最后，水手们罢免卡尔瓦洛，推选舵手篷赛罗（Pomcelo）做船队指挥官，又选出卡诺和特立尼达号船长艾斯皮诺萨组成三人执政。

在这片人口稠密的水域，通过易货贸易和抢劫来补充食品和淡水并不费劲，于是迷途的水手们似乎有恃无恐。两艘船依旧毫无意义地绕来绕去，在几个星期中，他们曾不止一次到过离香料群岛很近的地方，然后又稀里糊涂远离了目标。