麦哲伦清楚，他不能打击所有敌对者，在荒无人烟的南美，如果依照军法把五分之一的船员吊死在横檩上，他会一下子失去数十个劳动力，日后无法航行。他只能杀一儆百，而把大多数人留在身边，用良好态度把他们争取过来。

4月7日，麦哲伦选定牺牲者——凯塞达船长，他动用武器，亲手杀死一名无辜舵手，是唯一的杀人犯。于是，在这片没有政权归属的海域，麦哲伦设置了临时法庭。庭长麦斯基塔指控凯塞达犯杀人罪和叛乱活动罪，审讯专门请了录事，把冗长而又拘泥细节的证人证词全部记录在案，卷宗写了一页又一页。

麦哲伦最后做出判决：一、凯塞达斩首，用剑做行刑工具；二、凯塞达的仆人英利诺（Luís Enlino）也参与了杀害舵手的行动，同样该处死刑，但如果他同意亲手砍掉凯塞达的头，自己可以得到豁免。

要么自己被处死，要么亲手杀死自己的主人，这种残酷的抉择给英利诺带来极大的内心痛楚。最后，他想通了，反正主人必是一死，而他有可能活下去。于是，他一剑砍掉凯塞达的头，保住了自己的脑袋。(www.daowen.com)

按照当年远航时的野蛮惯例，凯塞达的尸体和缅多萨的尸体一样，被砍掉四肢，插在了船杆上。

如何处置卡尔塔海纳和另外一名始终煽动不满情绪的牧师，麦哲伦最初有些犯难。他认为他们有罪，但卡尔塔海纳是国王派来的总监察官，和自己几乎处于同等地位，他不能把他交给刽子手。而作为虔诚的天主教徒，他不愿意处死接受过涂圣油仪式的牧师。可给两名主犯戴上镣铐，带着他们继续远航，同样是不现实的。最终麦哲伦在临时法庭上宣布的第三项判决是，将卡尔塔海纳和牧师逐出国王的船队，船队起航时，发给两个人一定数量的食品和酒，让他们留在圣胡利安湾荒无人烟的海岸，任其自生自灭。