1519年9月20日黎明，麦哲伦在桑卢卡尔港下令起锚，篷帆孕满海风，船队鸣放告别礼炮，渐渐远离海岸。

船队来到加那利群岛的特内里费岛（Tenerife），加粮上水。10月3日，麦哲伦正要扬帆起航，忽见一艘轻快帆船从老远驶来，向船队发出信号。这艘船给麦哲伦送来岳父的密信，岳父告知女婿，他从可靠方面了解到，几位船长们将在途中拒绝服从麦哲伦指挥，带头的是那条最大的船的船长卡尔塔海纳。

麦哲伦揣好密信，下令起锚，几小时后，特内里费山渐渐隐没在海平线上，那是绝大多数船员最后一次看到属于西班牙的土地。

麦哲伦规定，每天夜幕降临前，四艘船要逐一驶近旗舰，把船长送上甲板，船长必须在他面前列队，向他致敬说：“愿上帝保佑您，海军上将先生，保佑舵手们，保佑值得尊敬的全体船员。”他一直没有召集船长议事，只是要他们听取完自己对夜间三班的指令，然后打发他们下船。船长们很不高兴，麦哲伦在西班牙时闭口不谈探险目标，他们理解，那是怕把秘密泄露给外人。但现在是在大海上，他们原以为麦哲伦会把他们召集到旗舰上，指着海图，告诉他们行驶意图。可他们见到的是，海军上将变得更加沉默寡言，审慎得难以接近。他从不向久经考验的船长们请教，也从不征求他们的意见，不知他在想些什么。

入夜，麦哲伦采用他自制的夜航联络法，在旗舰船尾点燃浸过树脂的火炬，让后面的船能始终看见自己。如果除了火炬，又点燃两盏灯笼，表示遇到逆风，其余船只应当立即减速或曲折前进。如果点起三盏灯笼，预示暴风即将来临，应当系紧辅助帆。如果点起四盏灯笼，必须落下所有风帆。如果燃起许多忽亮忽灭的灯火或鸣炮，是警告提防浅滩或暗礁。四位船长，必须白天追着他的旗帜，夜里跟着他的火炬。

麦哲伦没有按照哥伦布的经验朝西南方向驶往巴西，而是沿非洲西海岸平行南进。这样会绕远，至少要耽误两个星期。可直到几内亚，麦哲伦依然在朝南走。(www.daowen.com)

一天晚汇报时，卡尔塔海纳直率地质问他，为什么不朝西南行驶。

如果卡尔塔海纳仅仅是圣安东尼奥号的船长，他便是海军上将的下属，麦哲伦可以援引他与国王的合同，确认自己是船队唯一的最高统帅，所有下属都没有质疑权。但卡尔塔海纳同时是国王的总监察员，他有权要求海军上将做出解释。其实，向卡尔塔海纳解释始终南行的原因，是一件毫不费力的事，但麦哲伦却强硬地拒绝了。他冷漠地回答：“所有人必须跟我走，任何人无权要求我做出解释。”

事实表明，卡尔塔海纳率直质疑的，恰是麦哲伦的严重错误。

船队沿着非洲海岸一直走到塞拉利昂，仍未找到顺风，反而一丝风都没有。船队在大海里滞留了两个星期，紧接着，他们很快又被猛烈的暴风雨笼罩了。