送走阿尔瓦列什之后，麦哲伦做出一个决断，在纷杂的局面中，不让法利罗增加对自己的干扰。显然，他无法驱逐国王的监察员和司库，但在可能出现的复杂斗争中，在每一个决定性的时刻，他必须尽可能争取独立，不能出现由两个海军上将共治产生的内耗。所以他不愿在如此诡异的远航中，再被法利罗这样一个性情乖张的平级长官拖累。他必须出港之前，把这个包袱扔下，事实上，这个天文学家已经成了麦哲伦的累赘。

恰好，法利罗仰观星象，断定自己不可能在这次远航中生还，他自愿放弃出海。于是国王下御旨，任命他为日后第二支船队唯一的海军上将，交换条件是，他必须把地图和天文图表让予麦哲伦。

法利罗暗降明升，很有面子，但麦哲伦的忧虑减少得不多。原来由法利罗指挥的圣安东尼奥号，改由国王派来的总监察员卡尔塔海纳（Juan Kaltahayner）担任船长。此人是布尔戈斯主教的堂兄弟，他冷漠傲慢，毫不掩饰对麦哲伦的轻蔑。

1519年8月10日，维多利亚圣玛利亚小教堂，麦哲伦率领来自九个国家的265 名船员，跪下宣誓，然后从莱瓦总督（Saint-Martinnez Leiva）手里接过西班牙国旗。(www.daowen.com)

船队离开停泊场，顺瓜达尔基维尔河而下，先行前往桑卢卡尔港。

此时，武器库长官巴尔波查的女儿站在麦哲伦面前，臂弯间抱着儿子，肚子里又有了第二个孩子，她全身颤抖，失声痛哭。在和妻子相处的一年半时间里，麦哲伦第一次感受到真正的幸福。他最后一次拥抱妻子和儿子，为了不被妻子的眼泪动摇，他转身登上小船，去追赶桑卢卡尔的船队。