科斯塔什么目的都没达到，葡王便把秘密破坏麦哲伦船队的任务，转交给葡萄牙驻塞维利亚领事阿尔瓦列什（Sebastiao?Alvarez）。

阿尔瓦列什是个特务，他一直密切关注着麦哲伦船队的筹备进程。

西班牙国王给麦哲伦调集的五艘旧帆船驶进塞维利亚，阿尔瓦列什幸灾乐祸地向葡王密报，说这些“船全都破旧不堪，打满了补丁……船舷软得像奶油”。情况差不多真是如此，麦哲伦第一次看见这几艘匆忙买来的破船，心情很不好。但他是经验丰富的船长，懂得再破旧的船，只要经过悉心修理，完全可以续用。随后的日子，阿尔瓦列什天天徘徊在船队四周，记录修船细节，观察船上安装了什么，什么货物已经装进船舱，然后写成报告，送给葡王。

阿尔瓦列什和几位西班牙船长建立了要好的关系，一有机会他就愤怒地大声质问，西班牙贵族必须绝对服从两个脱离祖国的叛徒，这是真的吗？极端民族主义意识是一根最容易拨动的琴弦，而且最容易产生共鸣。不久，塞维利亚海员开始在私底下愤愤不平，说这两个葡萄牙叛徒，他们从没在西班牙旗帜下航行过，只因为会吹牛，我们就把船队托付给他们，还把他们晋升为海军上将。

对阿尔瓦列什来说，船长们在小酒馆里窃窃私语，低声抱怨，完全不够。他必须极力煽动起一场真正的暴乱，让麦哲伦丢掉海军上将的军衔。当然了，如果能结果他的性命，那更好。

10月的一天，麦哲伦从凌晨3点开始，一直在监督技师工作。(www.daowen.com)

天亮后，旗舰特立尼达号倾斜船体，技师把软木和麻絮蘸上焦油，仔细填进船上的缝隙，再用锤子轻轻敲平。此时，来了一群无所事事的塞维利亚人。他们嚼着中美洲烟叶，手插在裤兜里，围观看热闹。突然，一名警察指着特立尼达号的主桅愤怒地喊：“多么蛮横无理，麦哲伦这个抛弃祖国的流浪汉竟然在我们塞维利亚，在西班牙国王的港湾里，在西班牙船上无耻地升起葡萄牙国旗，难道我们能容忍这种侮辱？”听了他的话，大家并没有发觉这个义愤填膺的爱国者是葡萄牙领事阿尔瓦列什假扮的警察，根本不是西班牙人，大家只是被他的爱国激情点燃了，纷纷指责麦哲伦。

听到吵吵闹闹的声音，爱看热闹的人从四面八方蜂拥而至，市长也赶来了。麦哲伦急忙跟市长解释说，这是误会，主桅没升西班牙国旗纯属偶然，它刚刚被取下来去做修整。现在挂着的是西班牙国王授予他的海军上将旗，并不是葡萄牙国旗。麦哲伦请市长把胡闹的人统统赶走。可是，民族情绪煽动起来很容易，平息下来却非常难。激愤的民众和麦哲伦的船员险些发生暴力冲突，只是因为麦哲伦冷静镇定，才阻止了挑拨者暗中导演的流血惨案。激愤的民众不依不饶，市长站在了他们一边。他们要把所谓外国旗帜摘下来，否则他们要自己动手。东印度公司的一位高官想努力恢复秩序，但根本做不到。市长叫来港湾警卫司令和一大队警察，警卫司令指责麦哲伦侮辱西班牙王权，下令逮捕他。东印度公司高官警告警卫司令，逮捕国王授予崇高权力的船长，对你这样的皇家官员来说，是一件相当危险的事。

麦哲伦说，好吧，我把旗降下来，放弃这些船，让这些暴民们随便摆弄国王的财产，但可能造成的一切损失，必须由你们这些港口官员负责。听了这话，市长不知所措，有些害怕了。看到市长面有难色，民众们也都嘀咕着散去了。

麦哲伦立即给国王写信，说王权受到了侮辱。卡洛斯一世当然站在他的海军上将一边。几天后，港口官员接受惩罚，闹事者也统统遭到鞭笞。