麦哲伦的远航计划是在他和葡王闹翻之后成形的。

他在葡萄牙又待了一年，主要是和那些长时间生活在海上的船长和舵手们在一起，和那些曾在南半球海域航行过的水手们探讨世界的图景。

他结识了与他同病相怜的天文学家法利罗（Rui Faliro）。许多年来，法利罗一直渴望得到皇家天文学家的职位，毫无疑问，他比任何人都有资格获得这个荣誉，但他同样遭受葡王的怠慢。宫廷大臣为了摆脱他的纠缠，想把他弄进宗教裁判所。他们称他是小丑，说他的研究总是求助于超自然力量，和魔鬼是同盟。

法利罗是理论家，地道的书斋学者。他是通过著作、地图、图表、计算进行理论研究，被认为是天文学权威和制图专家。他不会张帆和掌舵，但他制作的海图、罗盘图、星盘，却是当年最完善的航海工具。他从没坐船出海，甚至从没离开过葡萄牙，但他发明了经度计算法，这种计算法虽然多有瑕疵，但它日后给了麦哲伦巨大帮助。

法利罗变得越来越神经质，脾气暴躁，他谈吐甚健，万分自负，这和孤僻而沉默寡言的麦哲伦似乎极不相配。法利罗的兴趣是从理论层面认识大地和天空，麦哲伦最热切的愿望是亲自远航，实地探索未知世界。恰因为他们性格悬殊，似乎像齿轮一样可以匹配咬合，成为莫逆之交，但也因为这些差异，导致他们的和谐奋斗必定是短暂的。

麦哲伦把他从谢兰那里得到的想法告诉法利罗，问有没有可能不像达·伽马、奥梅达、阿尔布开克那样绕过非洲向东航行，而是从葡萄牙直接西行，穿过美洲，到达富庶的香料群岛。两人即刻投入研究之中。

那个时候，哥伦布已经过世整整十年，西班牙已经不怎么关心对美洲进行征服和殖民。哥伦布关于海地岛到处是黄金的报告基本是个谎言。那里没有多少黄金，也没有香料和象牙，虚弱的印第安人不适合做奴隶。在毕萨罗（Francisco Bisaro）尚未掠取印加宝库而波托西银矿（Potosí）没被开发之前，美洲的发现没有多少经济价值。西班牙人更关心的是，穿过美洲，尽快找到充满财富的香料群岛。但事实上，哥伦布第四次远航曾经向西，一度抵达中美洲大陆，却没能找到穿过去的海峡。亚美利哥的探险队也是如此，他们考察了南美东岸，但没能绕过大陆，到达香料群岛。科泰斯（Hernn Cortés）曾向国王保证，要在巴拿马附近找到通道，一样未遂。美洲大陆比他们想象的要辽阔得多，宇宙志学家在地图上把美洲和南极画得连在一起，西班牙人无法穿过去，也没办法绕过去。西班牙航海家根据国王的命令，一个接一个出发，不断试图绕过新发现的大陆，赶在葡萄牙人之前，攫取香料群岛。他们徒然试着运气，像当年葡萄牙人想横穿非洲去印度洋一样，一次次以失败告终，许多船只遇难。他们似乎已经失去了从大西洋直接驶往东方的信心，渐渐安于与香料群岛天地永隔的事实。

但是麦哲伦和法利罗发现了一丝希望。他们翻阅了葡王秘密档案里所有的海岸图、罗盘图、测程仪记录、最后几个巴西探险队的航行日志，还找到一本用劣质纸印刷的德国小册子《来自巴西大陆的最新消息抄件》。这本小册子，原本是奥格斯堡（Augsburg）维利泽尔家族（Veryzer）最大商行的葡萄牙代理人，不久前寄给顾主的秘密情报。这个小册子用很糟糕的德文写道，一艘葡萄牙船在南纬40°左右，发现并绕过了一个跟好望角相似的海角。海角后面，有一条由东向西的宽阔海峡，很像直布罗陀海峡，可以从大西洋通向另一个未知海洋。两人如获至宝。(www.daowen.com)

其实这个情报是错的。那些葡萄牙航海家只是发现了一个河口，他们向里面航行了两昼夜，仍然一眼望不到头，误以为那是一条海峡，他们没能走到另一端便被暴风雨赶了回去。所以可以推断，他们看见的可能是某条大河的入海口，不一定是东西相通的海峡。只有亲眼看见过拉普拉塔河入海口的人才会知道，把像大海一样广阔无边的河口误认为是峡口或是大海本身，简直太正常了。

然而，这份错误情报，让麦哲伦和法利罗欣喜若狂。随后，他们又找到曾经激发过哥伦布的托斯卡内利地图，它把地球的水陆分布画得荒唐透顶。依照它的指示，从小册子上说的那条海峡穿过南美大陆去香料群岛很是容易。当他们又看了贝格依姆在地图上的错误标注，麦哲伦终于确定了坚定的信念。正是基于这些错误信息而产生的执念，麦哲伦后来毫不犹豫地对西班牙国王说：“在大西洋和太平洋之间有一条海峡，我相信这一点，我知道它的位置。请给我一支船队，我要向你们指明这个海峡的地点，然后从西向东环绕地球一圈儿。”

理论家法利罗和航海家麦哲伦相互发誓，在西去香料群岛计划得以实现的决定性时刻以前，必须向所有人保密，否则天打五雷轰。

后来让麦哲伦颇感沮丧的是，法利罗计算出，香料群岛不在教皇为葡萄牙划定的势力范围。它属于西班牙，是西班牙国王的财产。

正是这个原因，当然也因为葡王不器重他，使他不久就做出了叛逃西班牙的决定。可以说，他的行动违背了爱国主义，他不只是离开了祖国，而且是损害了祖国。就像是今天的军官，窃取了总参秘密地图，转手交给竞争对手一样，葡萄牙贵族和皇家船队原船长麦哲伦严重触犯了法律。而他不像盗窃犯那样怯懦，也不像间谍那样胆战心惊，他坦然地越过国境，投向了敌人，他完全意识到了等待他的是铺天盖地的辱骂。

实际上，法利罗的全部结论也都是错的。香料群岛并不处在西班牙的势力范围，它是在教皇划给葡萄牙的区域。他计算的经纬度也不对，而且十分荒谬，因为他对太平洋的宽广度没有任何概念。

1517年秋天，麦哲伦让略有胆怯的法利罗暂留葡萄牙，他独自带着奴隶恩里克，越过西葡边界，进入西班牙。