1512年，麦哲伦返回里斯本的伯利恒教区，他看到的首都和他七年前第一次远航时看到的已经迥然不同。纵目而视，一切都变了。港湾里，停泊着葡船和各种各样的外国船，千帆林立。河岸上，堆满各种仓库已经容纳不下的外国货，而造船工人们还在紧张劳作，赶制更强大的舰船。街市上，达·伽马出海前做祈祷的低矮小教堂，翻新成了辉煌大教堂，来自各国的行人，在富丽堂皇的官邸之间匆匆地穿行。在经纪人事务所里，在银钱兑换商的柜台前，各种语言混杂相间。麦哲伦明白，他和同伴们在印度洋挥洒的鲜血，已经在这个世界贸易中心变成了黄金。

从史料上看，麦哲伦在印度洋仅仅参加过三次战役。但可以推想，在史料之外他曾为葡萄牙的荣誉多少次把生命和健康置之度外，可这一切并没有在他回国之后让他得到合适的职务，甚至生活保障都还是问题。

西航去找香料群岛这个令他着迷的伟大理想，再加上马来奴隶恩里克，这便是麦哲伦在印度洋服军役七年后带回祖国的全部东西。

七年过去了，他过去是什么样，现在还是什么样。没有人热烈欢迎他，也没有向他表示诚挚的谢意。明明回到的是祖国，他却像是来到了异邦。

麦哲伦因为是世袭贵族，所以很早就在王家编制之内，他因此才获得了国王赡养费。但麦哲伦家是小贵族，他被列入最末一等，第一个月只有1000瑞斯。经过一番口舌，麦哲伦求得武装侍从的身份，升了一级，月俸1850瑞斯。

麦哲伦一筹莫展，无所事事，他荒废了一年时间。

1513年，葡王组建庞大舰队，攻打摩洛哥的阿扎莫尔要塞（Azamole），还要彻底消灭毛里塔尼亚的海盗。麦哲伦没有任何犹豫，马上报了名，于是在开往阿扎莫尔的庞大军队里，他重新成为一名低级军官，没有职衔。(www.daowen.com)

麦哲伦在一次肉搏战中再次负伤，这一次比哪次都严重。敌人的枪头刺中他的膝关节，损伤了神经，落下了终身残疾，左脚无法屈伸。

麦哲伦本可以告别非洲，以伤残军人的身份，索要更高的抚恤金。但他固执地留在军队，不久后升任船长。

有一次执行任务，麦哲伦和另一个伤号担任押运官，把从阿拉伯人那里抢来的大量马匹和牲畜护送回国。一天夜间，数十只羊不见了，有人说是麦哲伦和那个伤号把部分战利品偷偷卖给了敌人，也有人说是麦哲伦疏忽大意，敌人在夜里偷走了那些羊。

这些可恶的传闻可能会导致军事审判，麦哲伦珍视荣誉，他竟不辞而别，跑回葡萄牙去雪耻。一到里斯本，他便设法求见葡王，由于又急又气，原本只是为了洗清自己，但见到葡王后他的委屈迸发了。他想到自己出生入死，做出过种种贡献，所以他要求得到更相称的职务和更高的俸禄。

而此时，非洲指挥部那边已经传来消息，说麦哲伦船长没有请假，是擅自离队。于是葡王把瘸腿船长视为普通逃兵，他不允许麦哲伦继续讲下去，简单而严厉地命令他，马上返回非洲，听从上级发落。

麦哲伦无奈，乘船回到阿扎莫尔。前线没再提及审判的事，他们给麦哲伦提供了证明他功勋卓著和清白无辜的文件，又给了他一份退役证书。