阿尔布开克已经成为印度洋的传奇，被誉为“海上雄狮”，说他主持公道，统领这里的海洋和陆地，波斯湾和更远地区的君王纷纷来寻求他的友谊。可以说，这确是他一生中的巅峰时刻。

7月，穆斯里夫在吉达哀求埃及总督，如不尽快派增援部队，阿尔布开克会攻占吉达，占领整个印度洋沿岸。阿尔布开克在霍尔木兹，离亚丁很近，他确实盘算着快速攻入红海，扼住伊斯兰世界和埃及的咽喉，但他染上了痢疾，顿感力不从心。此时，他已在印度洋南征北战九年，渐渐成为老人。他周围的人都知道，他身体非常羸弱。在霍尔木兹难忍的酷热中，他已经奄奄一息。

有个叫费雷拉的人，刚从里斯本回来，阿尔布开克问他，朝廷对他有什么说法。费雷拉不敢直接说葡王要撤换他，他非常委婉地告诉总督，国王非常看重他，希望他回到身边，在印度事务方面辅佐他。

阿尔布开克喃喃自语：“在葡萄牙，没有哪项荣誉能跟当印度总督相比。在葡萄牙，工作累了可以休息，但我这残躯病体还能休养多久？我的日子不多了，还有什么能比在这儿的劳作中度过残年更美好？这些工作让我感到自己还活着。”

阿尔布开克要回印度了，他指定他的亲戚佩罗·阿尔布开克（Perot Albuquerque）做要塞指挥官，让他接管了要塞工程。他召唤留守霍尔木兹的指挥官们到他身边，轮流和他们握手。他要求他们宣誓，服从他指定的接班人，并把这些誓言记录在案。

11月8日，阿尔布开克登上玫瑰号，他告诉船长，请在午睡时间扬帆出海。这么做可能是为了避免向大家告别。他端详着这艘船，不禁想起五年前，他曾在桅端上绞死了迪亚士。当整个霍尔木兹沉浸在午后的酷热中，玫瑰号和另外三艘船悄无声息地驶向外海，在那里，他给图兰皇帝送去最后的道别。

跨越坎贝湾时，阿尔布开克俘虏了一艘迎面而来的小型阿拉伯三角帆船。他审问船长时意外得知，葡王派来了印度新总督。新总督带来许多船和军官，已经在果阿住了一个月，现在去科钦了。对奄奄一息的阿尔布开克来说，这简直是晴天霹雳。

在达布尔港外海，阿尔布开克又遇到一艘葡萄牙船，他从船上的佛罗伦萨商人恩波利（Giovanni Empoli）那里，听到了更坏的消息。他得知，前来辅佐新总督的许多关键人物竟是他的政敌。这些消息，严重伤害了他的自尊心，加速了他的死亡。(www.daowen.com)

12月6日，他给葡王写下最后一封信——

印度的繁荣昌盛就是我的证词……印度和我们已经占领的所有主要据点，我全都留给陛下。唯一的困难是，未能非常巩固地封锁红海。

他立下遗嘱，让留下一笔钱，给迪亚士的灵魂举办90场弥撒。

他希望活着看到果阿，让仆人给他穿上圣雅各骑士团的罩袍，他要穿着这身罩袍下葬。

12月15日黎明前，船队接近果阿，果阿高级教士赶来，为他举办临终涂油礼。一名医生扶他起身，喝了一点葡萄牙红酒。当船队驶入曼多维河时，微弱的曙光打在西高止山上。阿尔布开克挣扎着下床，被搀扶到舷窗旁，最后看了一眼他设想成为殖民地首都的地方，然后再也不能说话了。

船员把他的遗体放进棺木，抬到岸上，转移到教堂。