阿尔布开克开始赶工，用沉重的原木建好一座要塞。然后他又拆毁清真寺和一些房屋，得到足够多的石料，建造另一座要塞。此时，葡萄牙人没有自己习惯的食物，只能吃大米，很多人得了热病。阿尔布开克也染上了热病，寒战不止，但他硬挺着，继续监督石质要塞的建设。

1511年年底，阿尔布开克决定，留下八艘船200名水兵和300名步兵，自己率领三艘葡萄牙船和一艘俘获的平底船，装上大部分财宝，返航印度。

旗舰海洋花号，是葡萄牙船队中最宝贵的战船，它的排水量高达400吨，是当时最大的卡瑞克帆船。它的三层甲板装有40门大炮，是一座能向任何方向射击的浮动要塞，在第乌战役期间，它每天向埃及舰队发射600枚炮弹。但是海洋花号已经远航快十年了，而往返印度的船平均寿命只有四年，除了漫长旅途的煎熬和暴风骤雨的摧折，凿船虫也会破坏它的质量，海洋花号就是这样，而且漏水严重，必须不断抽水和随时修补。阿尔布开克把它修理了一番，想让它勉强支撑着回航，回到科钦再进行大修。

离开马六甲的时候，很多人起初拒绝上旗舰工作，最后是看到阿尔布开克无比自信地上了船才放下心来。但是，在航行中，海洋花号还是遇难了。

那一天，海上全是惊涛骇浪，船队进入一片浅水区中央。一排巨浪扫过旗舰艏楼，把16个人卷进大海，眨眼就不见了。旗舰上装载着大部分财宝和很多伤病员，还有一些要送给王后的奴隶。它的载重最大，又严重漏水，进入船底的水越来越多，却恰好行驶在很浅的地方。又一排巨浪打落了它的舵，它偏向更浅的方向，搁浅在那里。顷刻间，它的船舱灌满了水，船员们不得不集合在艉楼甲板，等候着命运的安排。

此时，阿尔布开克就是他们的上帝，他下令把桅杆砍倒，捆绑起来，做成简易木筏，放到船下。他命令所有人离船时只能穿着上衣和马裤，谁要是想带走财物，那就等着和旗舰一起沉没。他先安排把伤病员送上小艇，然后他腰系绳索，把绳子另一端系在旗舰上，下到划艇上，亲自迎送船员，把所有人转移到大木筏上。至于船上的奴隶，阿尔布开克让他们自生自灭。奴隶们跳海逃生，不会水的很快淹死了，会水的上前抓住木筏，船员们用长枪迫使他们游开，以免超重。在他们身后，海洋花号断成两截，艉楼露在水面。(www.daowen.com)

从马六甲总督府抢来的绝大多数财宝葬身大海。其中最为珍贵的，是一位爪哇领航员绘制的世界地图，上面记录着葡萄牙在巴西的土地、好望角、红海和波斯湾、香料群岛的详细情况，上面不仅有郑和的远航范围和抵达的最远边界，而且有中国人走访过的那些王国的内部情况。另外还有一张桌子，上面镶嵌着七万克鲁扎多宝石。阿尔布开克为自己的坟墓准备的青铜狮子，也都全部留在了海底。

阿尔布开克俘获的那条平底船，是由爪哇奴隶驾驶，只有15名葡萄牙人监督他们。奴隶趁混乱之机，杀死葡萄牙人驾船逃走了，带走了一批贵重货物。

旗舰船员被救上特林达迪号，船上一下拥挤不堪，没有足够的饮食供给。阿尔布开克心急火燎地想要赶回印度，从不靠岸补充给养，他把每人每天的饮食定量降低为三两半和一小口水。为减少吃饭的人口，葡萄牙人趁穆斯林俘虏睡觉的时候，把他们扔进了大海。

这里要提前说一下，在这些远征马六甲的葡萄牙人中，有日后做环球远航的麦哲伦。葡萄牙人攻打马六甲，是为了抢在西班牙之前控制远东群岛，但这次远征却给西班牙人提供了发现远东的核心人才和重要信息，这便是麦哲伦和他在苏门答腊购买的奴隶恩里克。麦哲伦最后叛逃西班牙，把恩里克带了去，而恩里克是难得的翻译，两人终于帮助西班牙把香料群岛据为己有。