回到科钦，医生们一度担心阿尔布开克性命不保，但他居然痊愈得很快。只是，他的左臂从此残废了。他开始整修舰队，组织给养，鞭策倦怠的下属，为心里秘密筹划的新战役做准备。

同时，他开始花费大量笔墨，给葡王写报告。奥梅达的汇报总是很简略，阿尔布开克吸取了他的教训，他比奥梅达更清楚，他们的葡王始终缺乏安全感，必须事无巨细地让他知道。事实上，葡王很多疑，他总是害怕把大权交给同一个人，所以他决定在印度洋建立三个自治政府，阿尔布开克仅仅管辖中央部分，也就是印度西岸和南岸，从古吉拉特至斯里兰卡。

阿尔布开克率船队北上，没告诉大家去哪里，去做什么。他们越过坎努尔，2月13日，在德里山停泊。此时，他才向指挥官们解释，说他接到葡王指令，要去霍尔木兹，因为红海受到了威胁。其间，他漫不经心地提到果阿，大家都没在意。四天后，指挥官们得知，阿尔布开克要立即占领果阿。这座印度城市以前从没出现在葡萄牙人的计划名单中。

果阿城坐落在两条大河之间，是印度西海岸战略位置最重要的贸易站。这个地方与众不同，其他城市全有穆斯林，但统治者都是印度教徒，果阿相反，大多数居民是印度教徒，统治者却是穆斯林。印度教徒对穆斯林的统治多有不满，而这些穆斯林，正在把果阿变成穆斯林反攻葡萄牙人的基地。这便是阿尔布开克突然要夺占它的原因。

阿尔布开克派侦察船进入曼多维河（Mandovi）河口去测探，发现水足够深，最大型的卡瑞克帆船也能驶入。阿尔布开克于是决定从海路和陆路同时发动攻势。他派归顺葡萄牙的印度海盗狄摩吉占领并拆毁陆地一侧的敌炮兵阵地，派外甥诺罗尼亚（Antonio Noronha）攻击河口小岛上的另一座炮台。在短暂而激烈的战斗之后，敌人防御土崩瓦解，其指挥官撤进城里。但狄摩吉的人也迅速潜入城中。不久，阿迪尔皇帝（Adil）不见了，城里派出两位代表，提出和平投降。

3月1日，阿尔布开克举行典礼，宣布占领果阿。(www.daowen.com)

这一次，他以严格的纪律约束部下，不准对市民施加暴力，不得抢劫，不许强奸女人，因为这些人如今已是上帝和葡王的子民。但日后，他认为一些引发骚乱的人是在抵制天主，所以草草下令，处决了他们。他对寡妇殉夫自焚的习俗，感到十分憎恶，明令禁止。

4月，阿迪尔皇帝与过去的敌国签订停战协议，以便全力对付葡萄牙人，他派帕卢德汗（Paraudkhan）率大军驱逐侵略者，并利用雨季困住阿尔布开克。帕卢德汗开赴曼多维河沿岸，立即击溃了狄摩吉临时拼凑的部队。帕卢德汗的部队来自伊朗和中亚，为数众多，果阿岛上的葡萄牙守军已看见成片成片的旌旗和帐篷。阿尔布开克兵力实在有限，而果阿岛周长30公里，他们不得不分散把守所有沼泽渡口，各处防御力量变得十分稀薄。

有一天，葡萄牙人看到一个人从对岸走到水边，挥舞着白旗，用葡萄牙语喊话：“大人们，请派人来与我对话，转达我给总督送来的消息。”一艘小艇把他接上旗舰，此人自称是葡萄牙人马沙多（Joao Machado），是十年前船队留在东非海岸的犯人，现在为阿迪尔皇帝效力。他传递的消息很简单，即，雨季马上来临，葡萄牙船队最好在一切变得不可收拾之前离开这里。走之前，要把果阿军队撤退时没来得及带走的女眷和孩子归还给皇帝。作为回报，皇帝会给总督提供另一个滨海地点，让葡萄牙人建造要塞。阿尔布开克不愿谈条件，他明确回答不会归还任何妇孺，他要让这些女人变成葡萄牙人的新娘，希望她们成为基督徒。

他傲慢地宣布：“葡萄牙人咬住的，永远不会松口。”