阿尔布开克在海滩上等候奥梅达，他确实是来为奥梅达喝彩的，但也是来索要指挥权的。奥梅达从他身旁走过，根本不理睬他。他拒绝让权，说现在季节过了，不能起航，而根据葡王命令，他的任期要到他起航为止。

秋天，奥梅达驱赶阿尔布开克，拆毁了他的住宅，又挑出一艘被虫蛀得很厉害的船送他去坎努尔，想让他死在海上。但阿尔布开克命大没死。到了坎努尔，他被关押起来，失去了自由。冬天，年轻的葡萄牙最高军务官科蒂尼奥（Ferrando Coutinho）率武装战舰和本年香料运输队经过坎努尔。他是阿尔布开克的亲戚，又拥有葡王授予的权力，他把阿尔布开克带回了科钦，命令奥梅达把权力转交给阿尔布开克。

奥梅达被迫交权，次日启程回国。

1510年3月，奥梅达顺利绕过好望角，在南非开普敦塔布尔湾（Table）停泊，补充木材、淡水、给养。葡萄牙人企图偷走柯伊柯伊人的牛，还想绑架他们的孩子，于是爆发了冲突。最后，葡萄牙死了50人，奥梅达、十几位船长、高级贵族，尽在死亡名单之中。让人惊讶的是，这次小小的厮杀，竟然比第乌战役阵亡的要人还多。(www.daowen.com)

奥梅达的墓志铭在葡萄牙，上面写着：

印度副王，他从不说谎，也从不逃跑。

但他的遗骨仍在南非那个匆匆挖成的坟穴中。