往科钦逃跑的船，忽然发现后面有三艘大船，以为是埃及船队追了上来。等它们离近了才看清，它们桅杆上飘着葡萄牙旗，原来这是反对阿尔布开克的三位船长的船。此前，已经有四位船长撇下阿尔布开克，来到科钦。按照海军规则，在海外违抗长官的命令，等同于叛乱。但奥梅达想，如果不是阿尔布开克放弃扼守红海，他的儿子不会死，所以他没有处罚叛逃的船长们，而是把他们编进自己的船队。

阿尔布开克众叛亲离，只剩下两艘船，一度放弃霍尔木兹。但8月份，他又重返霍尔木兹，希望彻底控制这座城市。可他发现，他那没完工的要塞已经变成穆斯林抗击他的阵地，所以他不得不第二次撤军。

此时，葡王单独派出的一支小舰队在马六甲建立了贸易站。但古吉拉特的穆斯林商人是马六甲的主要势力。他们担心葡萄牙人和他们竞争，便说服总督，摧毁了葡萄牙贸易站，并把其中的葡萄牙人扣押为人质。

马六甲的事业进展不畅，葡王归罪于奥梅达不上心，他给奥梅达写信时的语气越来越冰冷。他进而指责奥梅达管理不善，不及时汇报情况，经常越权行事。奥梅达已经意识到，他失去了葡王信任，他听说，他将在年底被阿尔布开克取代。(www.daowen.com)

于是，奥梅达把歼灭埃及舰队视为头等大事，这场战斗将决定葡萄牙在印度的命运，同时可以为儿子报仇雪恨，这也许是他任期内最后的机会。12月8日，他给葡王写了一封充满哀怨的长信，类似最后遗言，说已做好死的准备，他逐条反驳了政敌对自己的指控，极力为自己辩护。他正准备封印的时候，飞马来报，说远处有大船向海岸驶来。

奥梅达率舰队起航出港，前去迎战，却发现这竟是阿尔布开克的船。

阿尔布开克在海上连续航行两年半，他的旗舰被虫蛀得千疮百孔，船舱已经进水，有鱼在水里游动，需要30人不分昼夜地持续抽水。尽管狼狈至此，他却想现在就开始他的总督任期。他十分礼貌地提出接管印度管辖权。奥梅达说，自己的任期要到来年1月才结束，而且他正在准备起航作战，不能在此关键时刻交权。