他派两艘船，封锁了索法拉，在那里等待与第二批船队会合，共同迫使索法拉投降，然后在那里建造第二座要塞。根据国王指示，奥梅达现在应该直渡印度洋，但他却打算攻击蒙巴萨群岛，让东非更多的沿岸城市臣服葡萄牙。

蒙巴萨比基尔瓦更大、更宏伟，他的总督一直不服葡萄牙，特意建造了一座堡垒，把四年前达·伽马船队掉进海里的火炮全都部署在堡垒阵地。当奥梅达逼近蒙巴萨时，这些大炮开始射击，命中一艘葡萄牙船。葡萄牙船队即刻还击，击中堡垒弹药库，引起爆炸，穆斯林炮手仓皇逃离阵地。

奥梅达发现，蒙巴萨有很多房屋是芦苇顶木屋，决定用火攻。他派一支队伍登陆，向木屋投掷火药罐。火势越来越旺，席卷全城，持续燃烧了整个下午加一整夜。次日黎明，葡萄牙人对全城形成包围圈，在火仍未完全熄灭的情况下，奥梅达下令从四面八方同时围攻蒙巴萨。葡萄牙人一条街一条街地推进，进行激烈巷战，渐渐逼近王宫。他们看见一大群衣着华丽的贵族匆匆逃走，那是总督和他的家眷。(www.daowen.com)

葡萄牙人冲进王宫，开始抢劫。他们撞开一扇又一扇门，把能见到的人和宝贝全都掳到船上。此战肯定所获颇丰。奥梅达下令按规划区抢劫，他给每位船长分别划定一个区域，让他们指挥并监督士兵抢劫，防止士兵把财宝化为己有。他规定，凡发现战利品的人，会获得其价值的二十分之一。

第二天，总督意识到已无力抵抗，为了避免重蹈基尔瓦原总督的覆辙，他给奥梅达送去一个极大的银碟，表达和平意愿，并愿献城投降。为了回应总督，奥梅达释放了很多俘虏，承诺保护所有返城者的生命和财产安全。最后，总督缴纳高额贡金，承诺以后年年纳贡。他和奥梅达签订和约，有效期为，“只要日月尚存”。