两个星期后，第二批进行香料航运的四艘船抵达威平岛。船上站着葡萄牙历史上最为才华横溢的两位指挥官，一位是40多岁的阿方索·德·阿尔布开克（Alfonso de Albuquerque），他拥有极其丰富的军事经验，他的出现彻底改变了葡萄牙在印度洋周边的历史格局，另外一位是佩雷拉船长（Duarte Pereira），他是数学家、航海家、战术天才，也是地理学家，是奉命敲定《托尔德西里亚斯条约》的学者之一。

阿尔布开克这对堂兄弟的任务只是购进香料，他们没有想到索德雷兄弟死了，现在他俩必须留守。他们好不容易说服了科钦国王，给葡萄牙人拨出一块地，并提供木料和人力，以建造要塞。这个要塞，四周要挖出很深的护城壕沟，中间将是一个石制主楼。

10月，达·伽马回到里斯本，他带回来的香料、丝绸、宝石，其所得纯利超过航行总费用的60倍，因此得到葡王的额外赏赐。

11月1日，固若金汤的科钦要塞竣工，命名为曼努埃尔要塞，这是葡萄牙在印度的第一个真正的稳固立足点。这个据点，比被摧毁的小贸易站坚固多了，日后它显得无比重要。(www.daowen.com)

从1497年达·伽马首航印度到1504年，共有5500人远征去印度。其中1800人没能回来，死亡比例高达35%，但远航带来了极其丰厚的回报。扣除成本，王室每年从香料贸易中可以获得100万克鲁扎多的利润，这是一个天文数字。

1519年，达·伽马被封为伯爵。1524年，他被任命为印度副王，4月以印度总督身份第三次赴印，9月到达果阿，不久染疾，12月在他既痛恨又渴望全面控制的卡利卡特过世。