第二天，达·伽马留下六艘卡瑞克帆船和一艘小吨位轻快帆船，由他的舅舅索德雷指挥，继续封锁卡利卡特海路。他率其他船南行，一路血腥报复，驶往科钦。

在科钦，葡萄牙人听到关于斯里兰卡的传说，说它在1770公里之外，是一座庞大、富饶的岛屿。那里有崇山峻岭，遍地是大片大片的肉桂，那里还出产宝石和许多珍珠，于是在葡萄牙人未来的探险清单上，又添上了斯里兰卡的名字。

不过科钦的现实还是让达·伽马头疼。由于无法一次性谈好一揽子价格，穆斯林商人经常出尔反尔。他们有时为他们的香料索要高价，有时不肯接受葡萄牙的劣质商品。达·伽马不得不天天上岸，与他们就某个问题达成一致后，他们才重新开始装运，然后又突然停手，所以往船上装载香料的过程时断时续。

海王非常希望科钦穆斯林拖延下去，让葡萄牙人停留过久，错过季风，困死在印度。但卡利卡特港口被封锁，海王的贸易活动被迫中止，他必须另谋他策。他派一名婆罗门，给达·伽马送来新的和平建议，答应补偿葡萄牙人的生命和财产损失。于是，婆罗门带着达·伽马和穆斯林俘虏，一同返回了卡利卡特。

到了卡利卡特，达·伽马放婆罗门上岸，但扣留了他的儿子。婆罗门承诺一定会回来，但他再也没露面，达·伽马怒火中烧。不久，海王另派人来，请达·伽马派一位绅士登陆，去接受海王的赔款。达·伽马大发雷霆，如果海王真要给他钱，何不就此带来。他要使者回去告诉海王，他连船上最低贱的小厮都不会派去。海王答复说，第二天结束时，一切都会处理好。

达·伽马等到第二天夜里，耐心枯竭了，不知海王骗他回来意欲何在。

黎明时分，旗舰瞭望哨看到一艘渔船离开港口，向葡萄牙船队驶来。当它越来越近时，哨兵发现它是两艘并联在一起的船。达·伽马被叫醒，迅速穿上衣服，来到甲板上。他以为这是海王派来送赔款的船，但他忽然发现，有近80艘船已悄无声息地离岸驶来。瞭望哨坚持认为那是一群渔船，当它们射来第一轮炮弹时，他才知道自己错了。炮弹在葡萄牙旗舰上打出了一个窟窿，印度小船很快包围了它，只要有人在甲板上露头，他便会看到一片箭雨。(www.daowen.com)

这时候，旗舰尾部还系着一艘俘获的阿拉伯三角帆船，印度人点燃了三角帆船，希望大火能蔓延到卡瑞克帆船上，但葡萄牙水手砍断了连接两船的绳索。此时，更多的小船蜂拥而来，他们都配有轻型射石炮和弓箭手，葡萄牙船队寡不敌众，只能割断缆绳，弃锚逃跑。而旗舰，平素为防止被人砍断锚上的缆绳，用的是特别坚固的铁链。在敌人的猛烈火力中，水手花了一段时间，才艰难地砍断铁链。不幸的是，旗舰弃锚之后，海上忽然风平浪静，于是它停在原处动弹不得，围上来的小船向它扔出暴风骤雨般的炮弹。

正在危急时刻，索德雷率领一艘卡瑞克帆船和两艘小吨位轻快帆船从坎努尔赶到。因为海上一丝风也没有，葡萄牙大船不得不靠划桨缓缓移动，一起迎击一大群不断开炮的小船。小船或许是弹药耗尽，终于撤退回岸了。

气冲牛斗的达·伽马再次下令，把俘虏吊死在小吨位轻快帆船的桅端上，然后在海边向岸上展示，再把尸体丢进一艘印度小船，把小船送到岸边。

卡布拉尔和达·伽马为葡萄牙在印度西岸留下了两个脆弱立足点，北方的坎努尔和南部的科钦。达·伽马估计，一旦船队返航，海王很有可能攻打坎努尔和科钦，报复两位国王，摧毁葡萄牙羽翼初生的贸易站。

因此他指派两个舅舅留守印度，巡视海岸，全力支持两位国王，保卫两个定居点。

1503年2月，达·伽马率领13艘船，满载大量香料，乘着强劲的东北季风横渡印度洋，返航里斯本。