达·伽马回国后仅仅六个月，一支比先前更为庞大的船队已经准备就绪，一共13艘船，1200人。虽然这与郑和船队没法比，但对比以前的葡萄牙远航少则一艘船多则四艘船的规模，这已经是空前了。要知道，1200人是葡萄牙总人口的千分之一。由此可以看出葡王志在必得的雄心。

这支新船队的总指挥是贵族卡布拉尔，他不是航海家，而是外交官。他的任务是平息达·伽马在卡利卡特闹出的风波，与被误认为是基督徒的海王建立和谐而且利润丰厚的贸易关系。葡王交给卡布拉尔一套万分详细的指令，其中一部分是达·伽马根据自己的经验和教训设计制订的。

卡布拉尔船队的高层，有达·伽马的远航搭档埃斯科瓦尔和柯艾略，迪亚士兄弟分别担任两艘船的船长。改宗犹太御医约翰将以天文学家的身份随同，任务是研究南半球的星相。被达·伽马俘虏而改宗的犹太人加斯帕尔·达·伽马也在船上，他了解印度西南海岸错综复杂的政治格局。船队还带上了在卡利卡特开设贸易站所需要的人员，由会说阿拉伯语的商人科雷亚（Aires Correa）负责商业活动。因为葡萄牙人坚信海王是基督徒国王，但不正统，于是根据教皇旨意，葡王派方济会修士代表团一起远航，去纠正海王的错误。(www.daowen.com)

吸取达·伽马的教训，卡布拉尔精心准备了贵重的礼物和各类商品，希望能让海王满意。

这一次，出航时间不再由宫廷占星家根据良辰吉日决定，而是取决于达·伽马总结出来的季风规律。1500年3月9日，里斯本伯利恒教区举行悔罪弥撒，葡王将王旗交给卡布拉尔，然后在修士的引领下，陪全体船员走到海滩。海滩上，全城百姓聚集，为丈夫或儿子送行。葡王登上王船，把远航船队送到塔霍河河口，望着他们消失在大海中。