在一处海滩，船员们把贝里奥号拖曳到岸上，倾侧后，清扫和修理。

此时，有客人来访，他衣冠楚楚，会说威尼斯话。他说自己是基督徒，被俘虏后，被迫改信伊斯兰教，但内心一直是基督徒。他为他的领主做说客，挽留葡萄牙船队。达·伽马发现，他的话有很多自相矛盾的地方，便下令扣留他。葡萄牙人拷打他，迫使他说真话，他说会有越来越多的印度船集合起来，一起围攻葡萄牙船队。

除了圣拉斐尔号，其他船均已修理和清洗完毕，也装满了足够的淡水。达·伽马觉得该是最终离开这个危险境地的时候了，他下令把大量肉桂装上大船。

离开印度1000公里之后，那个所谓的威尼斯人开始一点点透露真情。他其实是波兰犹太人，受迫害，不得不浪迹天涯，最后为果阿总督做事。他来葡萄牙船队的任务是，估算他的总督是否能凭自己的力量而不用借助海盗的力量，去俘获葡萄牙船队，然后用这些船去讨伐邻国。此人抵达葡萄牙时，接受了洗礼，重新成为基督徒，并更名为加斯帕尔·达·伽马（Gaspar da Gama）。

达·伽马第一次往返印度洋，尚未掌握季风的奥秘。他的船队经常无风受困，一连几天在酷热的海上一动不动，船员们为了争夺船舷或风帆投下的一小片阴凉而争吵。为了防止船上木料开裂，他们必须不断向木料上泼水。他们又时常遇到暴风，最可怕的是，逆风把他们往回推。

他们开始遭受饥渴的折磨，饼干里爬出虫子，淡水变得恶臭。所有人又一次患上牙龈病，牙齿深陷牙龈，无法进食。他们的腿脚又肿胀了起来。令人畏惧的败血病又出现了。因为被婆罗门教禁止在海上进食，那六个高种姓的印度教人质是第一批死亡者。后来，一具又一具死尸在祷告中被推过船舷，坠入大海。每艘船上只剩下七八个人能操纵船只。

有人提议返回印度，船长们已原则上同意，如果再刮起西风，就掉头回印度。就在船员们极度绝望之时，突然一连六天刮起东风，把他们吹向西方。(www.daowen.com)

1499年1月2日，遍体鳞伤的船队看到了非洲海岸。他们从非洲航行到印度只用了23天，但返回却用了93天。

达·伽马对印度西南海岸的怨气未消，途经索马里的摩加迪沙（Mogadishu）时，他无端炮击了这座穆斯林海港。但抵达马林迪时，他再次受到热烈欢迎，与土著交换了礼物，达·伽马得到一根送给葡王的象牙，船队还得到大量橘子。他们在此竖立了一根石柱，至今矗立着。临走时，他们把一名穆斯林带上船，他很想去葡萄牙。

圣拉斐尔号没能在印度海岸修理和清扫，因为虫蛀得厉害。由于人手不够，正好无法继续驾驶三艘船。于是达·伽马下令，把圣拉斐尔号上的红金色的大天使拉斐尔雕像和所有物资全都搬到其他船上，将它付之一炬。

3月20日，绕过好望角，大家几乎冻死。4月25日，一直做旅途记录的船员突然终断了记述，原因不明，很有可能这位船员病死了。此时，保罗奄奄一息，达·伽马在圣地亚哥岛把旗舰交给别人掌管，另雇一艘小吨位轻快帆船，把哥哥送往亚速尔群岛的特塞拉岛（Terceira）。抵达第二天，保罗病逝，就地安葬。

7月10日，贝里奥号在里斯本附近的卡斯凯什（Cascais）靠岸，旗舰不久也回来了。8月底，达·伽马回到里斯本伯利恒教区的圣母小教堂，与僧侣一起待了九天，为哥哥哀悼。9月初，达·伽马进城，受到群情激昂的热烈欢迎，国王封赏他土地和金钱，提升他为更高级别的贵族，赐予他“印度海军司令”的荣誉头衔。