船队接近莫桑比克城时，发现这里和他们见识过的非洲有很大不同。这里有很多木制清真寺和宣礼塔，房屋整洁优美，屋顶覆盖着茅草，这里的人很友好。达·伽马听说，祭司王约翰的驻地离这里不远，他统治着沿海许多城市，那些城市的居民都是巨商富贾，拥有自己的大船。据说这里的沿岸也住着大量基督徒。

莫桑比克总督带着友好的态度登上葡萄牙船，可看到葡萄牙人带来的礼物时，他大失所望。葡萄牙人显然不知道这里有多富庶，他们从里斯本带来的是一些只能取悦西非酋长的小玩意儿——铜铃铛、铜盆、珊瑚、帽子和朴素的衣服——而总督想要的却是布匹。总督以为达·伽马是土耳其人，热切希望看一看《古兰经》和弓箭，达·伽马只能逢场作戏，谎称来自土耳其的邻国，没带《古兰经》是因为担心神圣的经书在海上受损。但他为总督演示了弓弩射法，又请他看了一套甲胄，总督对此深感满意。因为前方海域遍布浅滩，达·伽马请求总督派一名领航员帮助自己。总督要了足够的黄金，派出两名领航员。达·伽马对穆斯林抱有根深蒂固的不信任，他坚持要求其中一名领航员必须待在葡萄牙船上。

星期六，葡萄牙船队开赴五公里外的一座小岛，秘密举行弥撒。土著领航员见他们根本不是穆斯林，便逃走了。达·伽马派两艘小船去追捕，遇到六艘岛上的武装船只，他们命令达·伽马返回莫桑比克城。达·伽马觉得自己被揭穿了，下令用射石炮驱散穆斯林，然后把另外一名领航员绑了起来，防止他逃跑。但天公不作美，风向转了，他们无法起航离开，被迫返回小岛。总督前来议和，被达·伽马拒绝，可岛上无淡水，葡萄牙人不得不返回莫桑比克港。

午夜时分，他们押着五花大绑的土著领航员，偷偷登陆，企图补充淡水，但土著领航员死活不配合。第二天晚上，葡萄牙人又试了一次，他们发现泉水旁边有20名土著守卫，他们用射石炮将他们驱散。又过了一 天，他们发现泉眼仍有人把守，而且还搭建了木栅栏。葡萄牙人炮击了三个小时，才把守军赶跑。3月25日，连续炮击让土著们闭门不出，船队取得了淡水，又在一艘土著小艇上抓了几名人质，最后向莫桑比克城放了几炮，然后离去。

北上航程十分缓慢，他们经常被逆风往回推。因为不信任被扣留的土著领航员，葡萄牙人小心翼翼地试探水深，躲避沙洲浅滩。他们相信基尔瓦港（Kilwa）有许多基督徒，但他们错过了那里。他们认为是土著领航员骗了他们，于是狠狠地鞭打他。随后，圣拉斐尔号搁浅了，奋斗了好久才脱险。(www.daowen.com)

4月1日，棕枝主日，达·伽马抵达肯尼亚的蒙巴萨港，他试探性地派两名犯人上岸，竟受到热烈欢迎。两名犯人在这里第一次遇到印度教徒，还以为是第一次找到了基督徒，误以为他们的宗教是基督教的一个分支。随后，土著领航员引导船队进港，结果旗舰漂移，撞上另一艘船。领航员惊慌失措，害怕受罚，混乱中跳海逃跑，被一艘小艇救走。

当晚，葡萄牙人严刑拷打两名人质，往他们皮肤上泼热油。他们疼痛难忍，胡乱供述说莫桑比克让蒙巴萨俘虏葡萄牙船队，以报复他们的炮击。第二次上刑时，一名双手被绑的穆斯林跳海自杀。第二天上午，另一名穆斯林也跳了海。

午夜时分，船队瞭望哨发现，月光下似乎有一群金枪鱼游过。其实那是有人静悄悄地向船队游来，他们割断贝里奥号的缆绳，一些人爬上船，发现自己暴露后，又迅速滑下船逃走了。

4月13日上午，达·伽马下令起航，筋疲力尽的船员无力把锚拉起来，只得割断绳索，把锚留在了水里。