1497年仲夏，教皇授权葡王，永久占有从异教徒手中征服的土地，只要没有其他基督徒国王已经对它们提出主权声明。此时，从船坞推上船的木桶，盛满足够维持三年的食物。桅杆上升起标有圣战者基督骑士团红十字的风帆，船队离开造船厂，停泊在里斯本下游的拉斯特洛海滩。

达·伽马率船长们返回新蒙特穆尔山顶城堡，在那里接受葡王的指示和祝福。达·伽马跪下，领受远航指挥权和饰有基督骑士团红十字的丝绸旗帜。葡王命令他，如果沿途能找到祭司王约翰，向他递交国书，最终在印度卡利卡特寻找基督徒国王，呈献阿拉伯文和葡萄牙文书信，并建立香料贸易关系。

在酷热的起航前夜，达·伽马一行回到拉斯特洛港，登上山丘，在恩里克亲王的小教堂与全体船员会合。近160人在这里守夜和祈祷，俯瞰着向西注入大西洋的塔霍河，冥想着自己的未来。

7月8日，星期六，圣母玛利亚瞻礼日，宫廷占星家为船队选定的出发吉日。里斯本百姓接踵而来，为亲友们送行。达·伽马率队走出小教堂，水手们手捧点燃的蜡烛，基督骑士团的僧侣紧随其后，吟唱祷告。队伍走到水边，围观者静默下来，所有人跪下，根据恩里克亲王从教皇那里得到的“因探索和征服”而死者免罪诏书，进行最后告解。船员们乘小船登上四艘大船，推开小船。旗舰升起王旗，水手们向天举拳，吟唱《一帆风顺》。船队升帆，两艘卡瑞克帆船引在前，循着十年前迪亚士发现好望角的航路南下。送行的人走进浅滩的水中，隔着越来越远的距离，想再看亲友们最后一眼。

这次远航，圣拉斐尔号有一个人全程记录了探险过程。

达·伽马借助顺风，沿非洲西岸南下，不到一周便看到了加那利群岛。他下令，如果各船走散，大家要在南边1600公里的佛得角群岛集合。(www.daowen.com)

次日夜间，浓雾弥漫，圣拉斐尔号迷失了方向。第二天雾散，它发现其他船不见了，只好独自南行。7月22日，圣拉斐尔号在佛得角群岛的外围岛屿找到两艘船，旗舰不知在哪里。三艘船大感受挫，又因为根本无风，困在原地。26日，旗舰出现了，会合后，他们在圣地亚哥岛停留了一周，修理桅杆，补充肉食、木材、淡水。

向南航行966公里后，旗舰主桅端断裂，不得不降下主帆，掉转船头，把船首当作船尾，利用前桅帆保持船身静止。如此倒行两天一夜，所有人轮流值班，每班四小时，不分昼夜，直到抢修结束。

达·伽马决定仿照迪亚士，先向西南航行，最后转身向东，借助西风，从好望角外海驶过。但达·伽马把迪亚士的方法提前放大了好几倍，他在佛得角群岛以南1127公里，南纬7°，便下令离开熟悉的非洲西岸线和几内亚赤道无风带，提前转舵向西南，深入大西洋中心，绕更大的弧线。很显然，葡萄牙航海家已经清楚地知道了南大西洋季风的运作模式。

8月22日，他们已经远离海岸3200公里，世界失去了参照物，只有空荡荡的海天、日月、海风。此后两个月内，没有其他可以记录的东西，他们必须根据日历中的圣徒瞻礼日来维持对时间的把握。