1500年8月23日七点半，迪亚哥看见两艘船，顶风向圣多明各港驶来。因为十点半之前陆风不会停，船无法靠岸，只能在港口七公里外停泊等候。

迪亚哥很想知道船上来的是什么人，有没有大哥那位和自己同名的大儿子。他派一条独木舟载着三个人前去向船上喊话，博巴迪利亚亲自解释说，自己是来调查起义的。博巴迪利亚的大副问，岛上有没有什么新情况，回答是刚刚绞死七名西班牙叛乱者，还有五名在等着上绞刑架。

此时，哥伦布在康塞普西翁打击叛乱部下，巴托洛梅和罗尔丹在萨拉瓜与格瓦拉的谋反活动做斗争。两位哥哥不断送来俘虏，命令迪亚哥马上绞死他们。迪亚哥看一副绞刑架不够，便另造了一副，分立在城墙两头。

柔和的海风起来了，博巴迪利亚指挥胖女人号和老女人号驶进港湾。接近圣多明各城时，他第一眼看见的便是两副绞刑架，每副绞刑架上都挂着基督徒。

第二天，博巴迪利亚和随行人员做弥撒。神祭结束后，他在教堂门廊里碰到迪亚哥和大市长佩雷斯（Rodrigo Pérez）。博巴迪利亚让公务秘书宣读王室第一份命令，即，任命他为起义司法调查员那份命令。他要迪亚哥把俘虏交给他。迪亚哥反对，他说海军上将不在，他只是临时当家，没有权力移交俘虏。迪亚哥让博巴迪利亚出示权力证书，博巴迪利亚说，如果你无权把俘虏交给我，你也无权要求我出示权力证书。

又过了一天，博巴迪利亚把所有人都叫来，再去做弥撒。结束后，在教堂门廊前，他让公务秘书宣读双王任命他为海地岛长官的命令。读完之后，博巴迪利亚宣誓就职，命令迪亚哥和佩雷斯把俘虏和所有案件移交给他。

迪亚哥再次拒绝，于是博巴迪利亚又让秘书宣读了另外两份王室命令。一份是让哥伦布把所有堡垒、武器、给养全都移交给他。另一份是他离开西班牙前几天接到的命令，他将承担海地岛所有欠款，无论是王室该付的，还是哥伦布该付的，都要按情况兑现薪金。(www.daowen.com)

迪亚哥还是拒绝，于是博巴迪利亚指部队和刚刚向他效忠的人，摆开攻打堡垒的架势。与要塞司令谈判无效后，他以国王的名义，强行攻占堡垒，抢得俘虏。

哥伦布回到圣多明各，博巴迪利亚告知他，王室已任命自己为长官。哥伦布提出同时保留自己的权力，他抱怨双王不守信誉。博巴迪利亚大怒，下令把哥伦布和迪亚哥抓起来。不过，没人愿意给哥伦布上脚镣，在面面相觑的当儿，哥伦布的厨师自告奋勇，给自己的主人戴上了脚镣。

博巴迪利亚命令哥伦布给巴托洛梅写信，让他停止一切公务，立即返回圣多明各。此时，巴托洛梅抓住16名叛乱者，把他们关押在一个深坑里，等待送回圣多明各绞死。他接到哥哥的信，叫他不要担心被抓，说双王会妥善解决一切。于是他回到圣多明各，马上被博巴迪利亚逮捕，戴上脚镣，关进牢房。

哥伦布三兄弟戴着镣铐，被当作罪人，押上回国的船，随船还有博巴迪利亚揭露哥伦布三兄弟的48页报告。哥伦布不接受任何宽待，当负责押运的大副和贵族要给他摘下脚镣时，他坚决反对，说这脚镣是双王给他戴上的，只有双王才有权给他摘下来。在整个行程中，哥伦布始终没同意取下脚镣。

哥伦布被关在禁闭室，他日夜思考，陷入连续失眠的状态。

11月底，船队驶进加的斯港，戴着镣铐的哥伦布引起大众的同情。