哥伦布宽容了罗尔丹，却处死了穆西卡（Andrian Mujica），再次点燃了反对者的怒火。

年轻漂亮的格瓦拉骑士（Hernando Guevara）行为不检点，哥伦布下令驱逐他，要他回西班牙。格瓦拉前往萨拉瓜，准备搭乘奥赫达的船，但他迟到了。罗尔丹只好让格瓦拉在他堂弟穆西卡那里做事。格瓦拉仍不消停，他经不住酋长女儿的诱惑，很快与她相好了。不过，格瓦拉很谨慎，他请牧师给情人施行了各种圣礼，只是没举行婚礼。罗尔丹知道后大怒，把格瓦拉捆起来，交给了哥伦布。

穆西卡为救堂兄，聚集了很多造反兄弟，而哥伦布此时恰好只有七八个人和三名领取王室薪俸的侍从。他带着这十来个人去突袭哗变者，活捉了穆西卡。他命令把穆西卡吊起来，然后请来一位忏悔牧师让穆西卡忏悔，遭到拒绝。哥伦布一气之下，下令把他从塔楼上扔下去，摔死了。

于是，来自海地岛对哥伦布三兄弟的控告，纷纷传到王宫。而且控诉信的内容没有矛盾冲突，一致指责三兄弟在分配土著时执行的是自私自利政策，对待领取皇家薪金的自己人太过冷酷和残忍。与此同时，成群结队的归国移民聚集在王宫，喋喋不休地向斐迪南二世告状，甚至咒骂哥伦布两个无辜的儿子。

应哥伦布的请求，1499年3月21日，双王挑选王室老仆从博巴迪利亚骑士（Francisco de Bobadilla）去海地岛负责司法事务。他们最初授予他的权力，是调查反对哥伦布的起义者并惩办这些人。但5月21日，双王命令博巴迪利亚以王室的名义，行使“对那些岛屿和大陆的行政权和司法权”，不必理会同时在中美洲群岛担任同一性质公职的哥伦布和巴托洛梅。同天，双王下达另一项命令，他们用“尊敬的堂基督使者·哥伦布，我们的印度岛屿和大陆的海军上将以及尊敬的海军上将的弟弟们”的措辞，谨慎地有意略去哥伦布的总督和长官头衔，略去了巴托洛梅的先行官头衔。这个命令要求哥伦布兄弟和其他人，把“堡垒、房屋、船只、武器、装备、给养、马匹、牲畜、我们在上述岛屿上的所有其他东西”统统移交博巴迪利亚。双王对哥伦布兄弟的态度急转直下。(www.daowen.com)

整个夏秋两季，对哥伦布的批评越来越多，双王承受着越来越大的压力。而秋天，女王嫁给葡王的女儿在分娩后死去，伊莎贝拉一世的生活失去了乐趣，健康也受到了严重损害。正是在这样的背景下，哥伦布不知趣地再次惹恼双王。

哥伦布派巴列斯特尔（Baliestel）和巴兰特斯（Garcia Barrantes）率两艘船回塞维利亚，向双王汇报情况。这些人下船时，每个人都带着一大群奴隶、土著孕妇、怀抱混血儿的土著女人。对此，一直反对把土著臣民当作奴隶的双王，非常愤慨。

第二年，双王下令，释放安达卢西亚地区被哥伦布卖掉的21名土著。这些土著，是战胜远途劫难幸存下来的奴隶，现在他们要马上登船，跟随去罢免和替代哥伦布的骑士团长博巴迪利亚，返回故土。