10月29日，尼尼奥（Perot Ni?o）带着巴托洛梅抓到的300名奴隶返回加的斯。他没有想到，他说了一句俏皮话——“我带来了金子”——竟坏了大事。他是一个满不在乎的人。说完这话，他跑回老家莫格尔（Moger），舒舒服服度了两个月假。他说的金子是指300名奴隶，但双王以为他说的是黄金。所以他们通知哥伦布，可以使用你弟弟带回来的金子进行第三次远航，然后把答应给哥伦布的600万马拉维迪用到了对法战争上。最终，斐迪南二世把法军赶出了那不勒斯，亚历山大六世教皇封他和伊莎贝拉一世为“天主教国王”。

12月底，尼尼奥进宫，把巴托洛梅的信件呈送双王。双王这才明白，他说的金子是他押回来的奴隶，而原本答应给哥伦布的600万马拉维迪已经在对法战争中用光了。哥伦布不得不另想其他办法。

1497年4月23日，双王指示哥伦布：“既然上帝使你们到了这些岛屿，你们就要努力使这些群岛上的土著走上和平和稳定，让他们为我们服务，服从我们的统治，并且首先顺利地使他们改信我们的神圣天主教。”随后，双王签署了一系列重要决定：第一，禁止进入中美洲群岛的西班牙货主抬高供应给海军上将的商品价格；第二，就哥伦布需要500名西班牙劳动雇员的请求，授权他招募330人，如果哥伦布认为需要，可增加到500人；第三，对哥伦布或他的代理人答应奖赏的那些人，请中美洲群岛的财政部司库支付奖金；第四，运往中美洲群岛和从那里运回的所有商品，在第一次成交时，不用缴纳进出口税和其他任何税。5月6日，双王把上述授予哥伦布的税收豁免权扩大到所有商品和税收项目。9日，双王指示高级会计处，满足海军上将已付给或预付给中美洲群岛人员的工资总额。

哥伦布一直想着必须和国王的钦差平起平坐。5月30日，他改变了皇家枢密院因为不信任他而对他采取的一项预防措施，即，既然负责中美洲群岛收支账目的人员中有双王的代表，那海军上将也应该有一名代表在其中。

6月2日，哥伦布对1495年4月10日的预防措施提出反对意见。在那个预防措施中，双王试图敞开通向印度群岛的通路，只是仍给海军上将保留在每七艘船中他可以派出一艘的权利。哥伦布不同意，他争辩说，把权利开放给其他六艘船，侵犯了他的特权。双王接受了他的批评。

在解释《圣菲协议书》中关于中美洲群岛的受益权问题，王室说，应该先扣除开支，然后付给哥伦布十分之一，剩余部分再给他八分之一。哥伦布坚持说，中美洲群岛所有收益，他应该先得八分之一，剩余部分扣除开支后的纯利，他应该再得十分之一。双王做让步，哥伦布除了第一次远航已经花出去的费用之外，以后再也无须负担任何旅费和行政开支，而收益按照王室的解释计算。(www.daowen.com)

此外，双王在海地岛划出东西280公里南北140公里的地段，让哥伦布以公爵或侯爵的名义来统治。但哥伦布谨慎地拒绝了封赠，他怕引起王室和贵族的非议，只想保住中美洲群岛海军上将这个头衔。

6月22日，皇家又下了三道命令：哥伦布获准将普通刑事犯移往海地岛；在海地岛期间，服刑期加倍计算，十年可抵无期徒刑，犯人如愿意在那里落户，如果他不是异教徒、损害王室者、堕落者和同性恋、内奸叛徒、死刑犯、用火和箭处刑的人、铸造假币者和贩卖金银或其他禁运物品的罪犯，可以免除服刑；授权总督给自愿居住在海地岛满四年的人分配土地。

10月，两位意大利银行家以向热那亚出口小麦为条件，为哥伦布提供的300万马拉维迪到账了。此前，他们已给海地岛的饥民派出了第一艘救济船。

1498年2月18日和19日，伊莎贝拉批准哥伦布的两个儿子做王室伴童，每人津贴9700马拉维迪。即使在王子死后，两个伴童仍将保留着。